2、支付方式。按照不同的支付主体对不同类型的支出分别实行财政直接支付和财政授权支付。
(1)财政直接支付。由财政部门开具支付令，通过国库单一账户体系，直接将财政性资金支付到收款人。对工资支出和购买支出(集中采购部分)以及对有关企业、未纳入本级预算管理的其它单位和市级财政对下的转移支出，实行财政直接支付的方式。
(2)财政授权支付。预算单位根据财政部门授权，自行开具支付令(会计核算纳入会计集中核算中心的预算单位由会计集中核算中心代开支付令)，从预算单位的零余额账户中支付。对预算单位的零星支出和购买支出(分散采购部分)，实行财政授权支付方式。财政直接支付和财政授权支付的具体支出项目，由财政部门在批复预算单位用款计划时确定。
3、支付程序
(1)财政直接支付程序。预算单位需要用款时，向财政部门提出申请，由财政部门根据批复的部门预算和资金使用计划及相关要求对支付申请审核无误后开具支付令送代理银行，同时通知人民银行国库，代理商业银行按财政部门的支付令将财政资金直接支付到收款人账户，并与国库单一账户或财政预算外资金支付专户进行清算。
(2)财政授权支付程序。经财政部门授权，由预算单位在财政部门批准的用款额度内自行开具支付令(会计核算纳入会计集中核算中心的预算单位由会计集中核算中心代开支付令)，由代理银行通过单位零余额账户将资金拨付到收款人账户，并与国库单一账户或财政预算外资金支付专户进行清算。用现金支付的支出，通过零余额账户提取现金进行支付。
特设专户的支付，根据支出类型，按相关程序办理。
四、改革配套措施
实行财政国库管理制度改革，是对财政资金的账户设置和收支缴拨方式的重大变革，是一项十分复杂的系统工程，要配套推进相关改革，保证工作的有序进行。
(一)进一步深化部门预算编制改革。按照内容完整、项目明细、定额科学、程序规范的原则，更加全面、细致地编制部门综合财政预算，为顺利实施国库集中支付创造条件。
(二)加快“金财工程”建设。“金财工程”是推进财政国库集中收付制度改革、部门预算等公共财政管理改革的重要技术支撑。要加快“金财工程”的建设步伐，逐步实现财政部门、人民银行、代理商业银行和预算部门的专线联网，将目前各自独立运作的财政、税务(含征收机关)、人民银行、代理银行计算机系统科学的加以联接，实现各相关信息共享。
(三)加强监督制约机制。财政部门要加强对预算单位资金使用的监督，认真审核预算单位资金使用计划和资金使用申请；同时建立健全财政部门内部的监督制约制度；人民银行国库部门要加强对代理财政支付业务的商业银行进行监控，充分发挥人民银行对商业银行办理财政支付业务的监管作用；审计部门要结合财政国库管理制度的建立，进一步加强对预算执行情况的年度审计检查，促进政府部门和其它预算执行部门依法履行职责。通过建立和完善科学合理的监督制约机制，确保财政资金安全。
