各区(市)要成立新型农村合作医疗管理委员会，设立经办机构，负责新型农村合作医疗的业务管理。镇(街道)可以设立合作医疗专管员或委托现有机构和人员管理，由管理委员会负责日常工作的管理和考核。经办机构的人员和工作经费列入同级年度财政预算，不得从新型农村合作医疗基金中提取。各区(市)也可以本着精简、高效的原则，积极创新新型农村合作医疗的经办形式，委托现有的、有资质的金融机构作为新型农村合作医疗代办机构，区(市)、镇(街道)政府应建立健全监管机制，制定具体监管措施，实行规范化管理，加强对代办机构的指导与监督，切实做到“四个确保”，即：确保新型农村合作医疗基金(包括利息等)全部用于农民的医疗保障；确保农民享受到便捷、安全、高效的服务；确保代办机构服务费用低于政府独立运作的管理费用；确保统筹资金安全。
　　(二)筹资机制
　　新型农村合作医疗制度坚持以区(市)为单位统筹，以家庭为单位参加的原则，实行个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制。原则上农民每人每年缴费不低于10元，农村优抚对象个人缴费部分由区(市)或镇(街道)财政负担，最低生活保障对象在享受低保救助期间，个人缴费部分由区(市)财政负担，五保户个人缴费部分由区(市)、镇(街道)财政负担；经济发达地区可根据农民收入水平及实际需要相应提高缴费标准；个人出资部分不能由集体出资代缴。各区(市)政府对参加新型农村合作医疗农民的资助不低于每人每年10元，经济条件较好的区(市)，各级财政应适当增加政府补助资金的投入，逐步提高农民医疗保障水平。鼓励有条件的乡村集体经济组织对本地新型农村合作医疗给予适当扶持，在农民自愿多缴费的前提下，为当地农民建立补充医疗保险，以提高农民的医疗保障水平。补充医疗保险必须另行设立，集体出资部分不得向农民摊派，也不能冲抵各级政府财政拨款和农民个人缴费。有条件的区(市)，可以探讨儿童计划免疫和妇女生育保健补助保险。
　　(三)基线调查
　　各区(市)要根据省里统一制订的《新型农村合作医疗基线调查参考提纲》，结合各自实际，制订详细的基线调查方案，重点对经济发展水平、医疗卫生机构服务现状、农民疾病发生状况、就医用药及费用情况、农民对参加新型农村合作医疗的意愿等进行摸底调查，了解本区(市)和镇(街道)、集体经济、个人收入情况以及近3年农民住院、门诊大病的医疗需求和相关医疗费用情况，掌握本辖区地方疾病谱。已正式启动新型农村合作医疗试点工作的区(市)，要在总结经验的基础上，按要求继续深入开展基线调查，进一步做好定量分析，以此确定更趋于合理的筹资标准、补偿水平以及报销比例。

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