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厦门市将建成海湾型城市，西海域海区由于历史沿革等因素，近期接纳周边地带的城市污水不可避免。从厦门市港口风景的城市性质出发，在建设大型港口的同时，保护西海域环境质量尤为重要，因此污水应当有限制地排放。在西海域综合整治中，已不允许在西海域发展水产养殖业，西海域主导功能为港口航运，同时兼顾旅游、自然保护及生态修复和承纳污水，因此该海区近期(2010年之前)以三类海域功能区控制，海域环境质量执行海水水质第三类标准，但是为了保护鼓浪屿周边的水质，对海水中的石油类、粪大肠菌群指标从严要求，应执行海水水质第二类标准。
●南部海域西侧海区(胡里山炮台至屿仔尾连线西侧)。该海区与厦门西海域南面部分海区合成的范围为环绕鼓浪屿的水体。为保护鼓浪屿周围海水水质，本范围内水域近期以三类海域环境功能区控制，海域环境质量执行海水水质第三类标准，但是为了保护鼓浪屿周边的水质，对海水中的石油类、粪大肠菌群指标从严要求，应执行海水水质第二类标准。
●同安湾。指五通至澳头连线以内，厦门岛东北侧的海域为主的海区，它由东咀港和浔江二者组成。同安湾长年来大量围垦沿岸滩涂用于构筑农田和盐田，海水养殖密度极大，养殖总面积大于35平方千米，这些生产活动应当逐渐淡出，因而必须有序地管理和科学疏导，采取限养措施，减缓养殖业对水质的影响。同时值得指出的是，近期内将产生较大影响的是同安至集美沿线的工业走廊(包括同集高科技园区)所排放的污水，这些开发区周边无城市污水管网等基础设施，开发区的污水经处理后，均通过小排洪沟或小溪流分散地直接进入同安湾两侧沿岸滩涂海域，将直接对近岸潮间带的海水养殖业造成巨大的冲击。因此，政府必须尽快完善市政污水管网，使开发区污水纳入城市污水处理厂处理后再排放。近期(2010年之前)以三类海域功能区控制，海域环境质量执行海水水质第三类标准，同时养殖区海水水质中的主要指标应符合渔业水质标准(GB11607－89)。
同安湾的近期目标主导功能配合厦门海湾型城市的建设定位为港口、航运、旅游，兼顾海水养殖，承纳污水。
此外，龙舟池、钟宅水库、东坑水库通过纳潮进水，其水体可视为同安湾一部分，也执行海水水质第三类标准。
③四类海域环境功能区：
●厦门西海域北部海区(厦门第一码头--大屿岛东南侧--嵩屿象鼻嘴连线以北区域)。该海区在西海域综合整治前受水产养殖业污染和承纳城市污水的影响，水质污染严重，海域生态环境恢复(包括水质好转)需要一段较长的时间。因此该海区近期以四类海域环境功能区控制，海域环境质量执行海水水质第四类标准。
●员当湖水体水质已逐渐转变为海水性质，水体仍划为西海域一部分，执行海水水质第四类标准。
●马銮湾原是西海域的一部分，1960年马銮海堤建成后成了海水内湖，根据市政府关于西海域整治利用的基本思路，马銮湾将在禁养殖、建护岸、清淤的基础上，打开马銮海堤，退湖还海，其水体视同西海域一部分，执行海水水质第四类标准。
●海沧内湖为咸水湖，通过纳潮进湖，其水体也视同西海域一部分，执行海水水质第四类标准。
●河口区海域。该海区位于嵩屿象鼻嘴至龙海打石坑连线以西，龙海市紫泥乡浒茂洲、乌礁洲和玉枕洲以东的海域。本区为九龙江河口水体和外海海水混合区，为厦门市和龙海市共享的海域。九龙江两岸将大力发展港口，而且九龙江作为漳州的主要纳污水体，承担着接纳两岸工业、生活、农业污水的任务，因此河口区水质受九龙江来水影响较大。从厦门湾港口发展趋势分析，海沧港区青礁以东岸线天然水深良好，将为石化、能源基地提供重要运输条件，今后重点发展集装箱中、远洋干线运输，兼有散货运输、仓储功能，海沧港区规划将建设28个泊位，其主导功能为港口航运。因此该范围内水域以四类海域功能区控制，海域环境质量执行海水水质第四类标准。
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