三、关于未按规定预缴土地增值税如何处罚问题
(一)对税收检查查出企业预收购房款，未按土地增值税预征管理办法的规定申报或全部申报缴纳土地增值税的行为，不按照不缴或少缴税款的行为给予行政处罚。其理由是：
1、根据《
土地增值税暂行条例实施细则》第
十六条规定：“纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待项目全部竣工、办理结算后进行清算，多退少补”。因此，纳税人未按土地增值税预征办法的规定计算缴纳土地增值税，并不能真实反映纳税人不缴或少缴税款。
2、对不按规定预缴土地增值税的处罚，目前没有明确的法律依据。
(二)未按规定预缴土地增值税，不能根据《税收征管法》第六十二条规定比照“未按规定期限办理纳税申报和报送纳税资料的”的行为进行处罚。
四、关于企业所得税汇缴期限内发现问题如何处罚问题
对税务机关在汇缴检查期内查出的企业未申报、少申报事项，依据《税收征管法》分别不同情况实施处罚或做出处理。
(一)偷税行为，按照《税收征管法》第六十三条的规定处罚；
(二)逃避纳税义务的行为，并有明显的转移、隐匿其应纳税商品、货物以及其他财产或者应纳税收入迹象的，按照《税收征管法》第五十五条的规定处理；
(三)其他行为，按照《税收征管法》第六十八条的规定处理和处罚。
五、关于审计、财政部门查出的税收违法行为是否可以进行处罚问题
(一)根据《税收征管法》第五十三条第二款关于“对审计机关、财政机关依法查出的税收违法行为，税务机关应当根据有关机关的决定、意见书。依法将应收的税款、滞纳金按照税款入库预算级次缴入国库，并将结果及时回复有关机关”的规定，有关部门的意见、决定书不是税务机关征收税款的依据，但有关部门查明的事实是税务机关进行税务行政处理的基础。因此，对审计、财政机关查出的税收违法行为，应由纳税人的主管税务机关认真核实，依照税收法律、行政法规的规定，确定应纳税额和滞纳金的具体数额，作出税务处理决定书，将应收的税款、滞纳金按照规定的税收征收管理范围和税款入库级次缴入国库。税务机关不能依据有关机关的决定、意见对纳税人实施税务行政处罚。
(二)税务机关根据有关机关的决定意见书依法核实纳税人税收违法行为，发现其违法行为应当予以税务行政处罚的，税务机关应当按照《税收征管法》的有关规定，根据核实的违法事实作出税务行政处罚决定书，按照规定程序实施相应的税务行政处罚。
