(一)信息网络体系
综合运用现代信息技术，构建覆盖全市各级卫生行政部门和各类医疗卫生机构的高效、快速、通畅、安全的突发公共卫生事件信息网络体系，实现市、区县、镇(街道)信息报告联网和信息资源共享，提高突发公共卫生事件实时报告速度、组织指挥能力、应急处理效率和科学防治水平。
市卫生行政部门建立区域性公共卫生信息网络平台和突发公共卫生事件应急处置指挥中心，市疾病预防控制中心、卫生监督所建立分平台，分别设立局域网，形成区域卫生信息网。同时开发利用系统软件和应用软件，使之具备数据传输、预警预报、应急处置、指挥调度、视频会议、信息发布等功能。
区县卫生行政部门和疾病预防控制中心、卫生监督所分别建立局域网或计算机工作站，建立基本数据库，使之具备数据收集、上报、下载和分析等功能。
政府举办的急救医疗机构、医院、卫生院、社区卫生服务中心及其他基层医疗卫生单位分别建立局域网或计算机工作站，并与当地公共卫生信息网络连接承担数据采集、实时报告等职能，逐步实现相关数据的实时网上报告。
(二)疾病预防控制体系
依托现有的市、区县两级疾病预防控制机构，构建完善的疾病预防控制体系，提高应对突发公共卫生事件的监测预警、调查处理和预防控制能力。
市、区县要加强同级疾病预防控制机构建设，使之成为本行政区域内疾病预防控制和突发公共卫生事件应急处理的技术指导中心。重点抓好工作用房、仪器设备、车辆装备和专业技术队伍建设，建立科学规范的运行机制，适应突发公共卫生事件应急处理的需要。
(三)医疗救治体系
1、传染病专科医院
我市设置独立的传染病专科医院：南京市第二医院，负责传染病疑似病人、确诊病人的集中收治和危重传染病人的重症监护，同时承担传染病防治领域的科研、专业技术人员培训和区域内技术指导职能，并严格按标准进行改造。各郊县可因地制宜改造建设郊县级综合医院的传染病区，实施统一管理，承担传染病人的收治任务。
市级传染病专科医院病床规模为600张左右，县级综合医院的传染病区病床规模为40张左右。医院(病区)建设设计按卫生部办公厅、
建设部办公厅《关于印发〈收治传染性非典型肺炎患者医院建筑设计要则〉的通知》(卫发电[2003])55号)的规定执行，人员、设备等按卫生部制定的二级传染病医院基本标准配置，并确保符合传染性非典型肺炎等传染性较强的呼吸道传染病感染控制要求。
