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(一)信息监测
市卫生局指定有关部门负责监测国内外疫情动态和防治信息，定期编写和发送疾病动态简报。根据疫情进展情况及时调整信息报告频率，对重要信息和突发事件，进行紧急报告。
(二)病例监测
1.不明原因肺炎监测
不明原因肺炎病例定义：同时具备以下4项条件，并经院内专家或区(县)专家组会诊后，不能做出明确诊断的肺炎病例作为不明原因肺炎病例。
(1)发热(≥38℃)；
(2)具有肺炎或急性呼吸道窘迫综合症(ARDS)的影像学特征；
(3)发病早期白细胞总数降低或正常，或淋巴细胞分类计数减少；
(4)经抗生素规范治疗3-5天，病情无明显改善。
全市160家传染性非典型肺炎监测点医院作为本市不明原因肺炎病例的监测医院，按照《上海市不明原因肺炎病例监测实施方案(试行)》的要求，做好不明原因肺炎病例的监测与网络直报工作。
2.传染性非典型肺炎监测
(1)预警病例监测
传染性非典型肺炎预警病例定义：符合以下情况之一的不明原因肺炎病例可定为传染性非典型肺炎预警病例：
①经区(县)级专家组会诊不能排除传染性非典型肺炎可能的不明原因肺炎病例；
②在14天内出现两例或两例以上有流行病学联系的不明原因肺炎病例；
③下列重点人群中出现的不明原因肺炎病例：
a.医疗机构工作人员中出现的不明原因肺炎病例；
b.可能暴露于传染性非典型肺炎病毒或潜在感染性材料的人员中出现的不明原因肺炎病例(如从事传染性非典型肺炎科研、检测、试剂和疫苗生产等相关工作人员)；
c.接触野生动物的人员中出现不明原因肺炎病例；
④已排除人禽流感的不明原因肺炎死亡病例。
全市160家非典监测点医院要根据《上海市不明原因肺炎病例监测实施方案(试行)》做好对传染性非典型肺炎预警病例的诊断、监测工作，一旦诊断为传染性非典型肺炎预警病例，应立即电话报告所在区(县)疾病预防控制中心，同时进行网络直报，采集病人标本送市疾病预防控制中心进行实验室检验。
(2)病原学监测
将市胸科医院、市肺科医院、市第一人民医院、复旦大学附属儿科医院、复旦大学附属中山医院、上海第二医科大学附属仁济医院、上海第二医科大学附属瑞金医院、第二医科大学附属新华医院列为本市传染性非典型肺炎病原学监测点医院，按照《上海市传染性非典型肺炎病原学监测方案》的要求，做好不明原因的重症肺炎和呼吸衰竭病人的病原监测、报告和样品的采集、运送工作。
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