规划近期，应当实施清洁生产的企业比例达到75%以上，属强制性清洁生产的企业应全部实施清洁生产审核，规模以上企业通过ISO14000认证比率提高到20%以上；规划远期，应当实施清洁生产的企业比例达到100%，规模以上企业通过ISO14000认证比率提高到30%以上。
第二十九条 建设生态产业园区
按照“减量化、再利用、再循环”的原则，整合提升现有的各类园区，指导新建园区的规划建设。通过科学筛选入园项目和引进关键链接技术及项目，建立信息交流平台，构建资源循环利用产业链，实现产业链的横向耦合、纵向闭合和区域整合，以及物流、能流、信息的集成和基础设施共享，促进园区的生态转型。加强各类园区的生态化改造与建设，建立一批生态产业示范园区。
第五章 建设集约利用的资源保障体系
第三十条 控制土地开发速度
严格控制土地开发规模，切实保护不低于市域土地面积50%的生态重点保护区。调查土地经济密度，编制土地投放计划，建立土地动态监控机制，实行土地总量控制，实现土地开发由外延式向内涵式转变。编制工业用地标准，控制工业用地投资强度和开发进度。规划近期将新增建设用地规模控制在8-9平方公里/年，规划中、远期控制在2-3平方公里/年。
第三十一条 实行土地开发分区控制
按照生态功能区调控要求实行土地开发分区控制，促进特区内外的深度城市化进程。重点保护区严格控制新建项目开发，分期清理腾退不符合生态功能要求的用地；控制开发区严格控制土地开发总量，合理控制土地开发强度，清理低效用地，集约化、规模化开发土地资源；优化开发区通过城中村、老工业区改造及土地置换统筹考虑提升土地生态效益与经济效益，在人口密集的建成区、大型绿地服务盲区和重点生态控制节点大力开展人居生态环境建设，兼顾提升生态功能。
第三十二条 开发利用地下空间
编制地下空间总体发展规划，建设完善地下交通、地下人防、地下水库等公共设施系统，降低地面土地利用强度，拓展城市发展空间。
第三十三条 建设节水型社会
合理配置生产、生活和生态用水，引导水资源科学利用，控制新鲜水使用总量。加大节水宣传教育，培育公众节水意识，提高水资源利用效率。发挥水价经济杠杆的调节作用，推广节水技术和手段，加快高耗水企业的技术改造，建设节水型社区及示范企业。规划近期节水器具普及率达到100%以上，全市万元GDP新鲜水耗下降至27立方米以下，工业企业水重复利用率达到75%以上；规划远期全市万元GDP新鲜水耗下降至13立方米以下，工业企业水重复利用率达到78%以上。
第三十四条 拓展本地水资源
挖掘本地水资源潜力，保障城市供水、生态用水和城市备用水的需求。加快水工基础设施建设，新建扩建调蓄水库，加大雨洪利用、污水再生回用、海水淡化和直接利用力度，多种途径增加水资源可用量，提升水资源调蓄能力。规划近、远期本地水资源年利用量分别增加4.13亿立方米和9.7亿立方米；其中规划近期年度本地蓄水与雨洪利用、污水资源化和海水淡化量分别增至0.95亿立方米、3亿立方米和0.18亿立方米。
第三十五条 调整能源结构
降低一次能源中煤、油的比例，提高气体燃料、核能及太阳能等清洁能源和可再生能源的比重，有计划地增加外购电力的比重，建立生态型能源结构。规划近期以拓展天然气资源为主，以西电东送的电力资源作为能源结构的重要补充，大力扶持太阳能、氢能和生物质能等可再生能源技术的研究开发；中期加大核能和外购电力的比重，建立可再生能源示范工程，逐步降低传统化石能源比重；规划远期充分利用可再生能源，进一步增加核电及外购电力比重，实现以优质能源为主导的能耗结构。
煤炭和石油在总能源消耗中的比例规划近期减少到60%，规划中期减少到45%，规划远期减少到40%以下；气体燃料和外购电力规划近期使用份额为39%，规划中期为52%，规划远期为55%；太阳能、氢能等可再生能源规划近期使用份额增加到1%，规划中期增加到3%，规划远期增加到5%。
第三十六条 加强产业节能
强化产业节能管理，提高能源转换效率，降低高耗能行业的能耗水平。电力生产行业推广使用新技术和新工艺，提高能源转换效率，大力推广热电联产及冷热电三联供技术。其他行业按照单位产出能耗及总能耗指标实施分类节能管理。推广普及节能型电子信息产品的开发、生产和应用。规划近、中、远期整体产业能耗分别较2005年下降10%、20%和30%以上，规划近期强制要求重点用能单位实现节能降耗15%以上。
第三十七条 推广生活节能
加大节能宣传与管理力度，降低生活能源消耗水平，减少生活能源浪费。实行能耗分级收费，鼓励公众培养节能习惯。严格建筑行业审批与管理，引进、消化吸收和推广节能新技术和新材料，建筑设计中充分考虑遮阳、通风与隔热等节能因素，对现有建筑实施节能改造。规划近期新建建筑100%为节能建筑，节能效率在现有能耗水平上达到50%，现有建筑的节能改造率达到30%；规划中期新建及改造的节能建筑占总建筑面积50%以上；规划远期实现全部建筑均为节能建筑。
第六章 建设持续承载的环境支撑体系
第三十八条 保障饮用水源地安全
严禁在饮用水源水库内进行养殖生产和娱乐活动，重点治理内源，减轻水库内源污染。全面清理饮用水源地一级保护区内水污染源，恢复地表生态系统，增强水土保持能力，建设河口自然湿地-前置库。严格控制二级和准保护区的水污染。规划近期集中式饮用水源水质达标率不低于99%，远期达100%。
第三十九条 控制水环境污染
大力控制非点源污染。加强城市径流设计，收集处理城市初期雨水；限制果园化肥、农药使用，控制面源污染。开展流域污染物排放容量总量控制。建设污水截排管网、集中污水处理厂和分散式污水就地处理工程，提高污水处理的建设标准。实施主要污染河流清淤工程、生态恢复工程、生态补水工程和重点工业污染源达标控制，提高水环境质量。
规划近期生活污水集中处理率达80%以上，城市水环境功能区水质达标率达到80%以上，近岸海域水环境质量达标率达到90%以上。规划远期生活污水集中处理率达90%以上，城市水环境功能区水质达标率达到100%，近岸海域水环境质量达标率达到100%。
第四十条 保护近岸海域生态环境
严格控制滨海生态敏感区海岸线开发，已有工程配套建设环境基础设施。严格控制入海污染物排放，削减入海污染物负荷。合理调整和规划养殖业布局，控制养殖容量。建设红树林宜林海岸淡水补充通道，营造红树林生长的适宜盐度条件。
第四十一条 改善城市大气环境扩散能力
重视近海大气交换和大气通道对城市空气环境质量的调节作用。优化城市空间布局，滨河大道、深南大道和北环大道的城市建筑布局应合理留出空间，保持大气通道的贯通和污染物传输通道的畅通，增强大气污染物的传输和扩散。
第四十二条 防治城市大气重点污染源
遵循区域大气传输扩散规律，位于城市上风向的盐田区和龙岗区东南部等地区慎重建设大气污染项目；加强以南头半岛为重点的电力行业大气污染源治理，强化脱硫、脱硝和除尘设施建设，新建大型电厂必须使用清洁燃料和低氮燃烧设备；积极发展低能耗、轻污染或无污染的炉窑，分期分批淘汰高能耗、重污染的各类工业锅炉、炉窑。
