（一）自开票纳税人及代开票税务机关应于2007年1月同时分别采集、汇总新版货运发票和旧版货运发票及联运发票存根联电子信息。
（二）自开票纳税人及代开票税务机关启用货运系统后，原使用旧税控装置开具的旧版货运发票及联运发票，于2007年1月1日前出现退票问题的，可报经区县级主管地方税务机关批准启用旧税控装置处理退票问题，退票完成后由纳税人持税控IC卡进行报数；于2007年1月1日后出现退票问题的，由主管地税机关核实后在发票税控三期系统的发票核验模块中修改该张发票的状态，即由“正常”改为“退票”；退票后如需重新开具货运发票的须使用货运系统开具新版货运发票。
五、印花税的征收
（一）对自开票纳税人，以新版货运发票的记帐联作为公路、内河货物运输应纳印花税的凭证，实行汇总缴纳。
（二）税务机关代开票窗口在代开新版货运发票时代收承、托运双方应缴纳的印花税，并在新版货运发票的记帐联和发票联分别加盖“印花税代扣专用章”，作为承、托运双方应纳印花税完税凭证。
六、个人申请新版货运发票代开业务
提供货物运输劳务但按规定不需办理工商登记和税务登记的个人，凭个人身份证在个人车籍地由地方税务机关代开新版货运发票。
七、新版货运发票开票数据电子信息报送时限及要求
（一）自开票纳税人应在每月征期内办理营业税纳税申报时持税控器具向主管税务所报送上月开具新版货运发票存根联电子信息；如上月未开具新版货运发票的自开票纳税人，仍须在办理营业税纳税申报时持税控器具向主管地方税务机关报送零开票数据电子信息。
（二）各局税务所应于每月14日前（含当日，下同。若遇法定节假日的情况，比照征管法实施细则顺延规定的天数）完成采集货运发票存根联数据以及对未申报企业及时催报等工作，并确认本级上传区县级地方税务机关营业税主管部门的货运发票存根联信息。
（三）区县级地方税务机关营业税主管部门应于每月20日前，确认本级上传市局的货运发票存根联信息。
（四）市局于每月23日前确认并上传货运发票存根联信息至国家税务总局。
八、自开票纳税人换发税务登记证的后续管理
（一）自开票纳税人专章的管理
1.自开票纳税人应按照换发税务登记证调整后的纳税人税务登记证号码重新自行刻制“开票人专章”，并于启用新版货运发票前报送主管地方税务机关备案。印章刻制的具体式样、标准及使用要求，仍依照《北京市地方税务局转发国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》》（京地税营〔2003〕581号）文件规定执行。
