动用储备粮由市粮食局会同市发改委、财政局、农发行等部门制定动用计划，确定动用的数量、品种和价格，报市政府批准后，由市粮食局组织实施。
根据粮食形势和市场供应需求，一旦市政府决定冻结部分市级储备粮库存时，承储企业必须绝对服从，冻结期内因市场行情变化发生的价差盈亏由市财政统一核算。
七、储备粮补贴
市级储备粮的保管费、利息及轮换价差等费用由市财政实行综合定额补贴，承储企业自负盈亏。实物库存一旦销出，空库存期间实行减半补贴。
每斤市级储备粮年度综合补贴标准为：仓储企业8分，加工企业及粮食批发市场5分，预警、监管费用1分。每年视市场供需状况由市财政局会同市发改委、粮食局及农发行等部门协商并报市政府批准可作适当调整。
区、县级储备补贴执行市级补贴标准，其中市财政每斤补贴6分钱，同时实行空库存减半补贴政策。
承储企业每季度终了前5日如实填报《南京市市级储备粮补贴申报表》，经区县财政局、粮食局审核后，于每季度终了后5日内报市财政局、粮食局；市属企业和其他企业于每季度终了后5日内将《南京市市级储备粮补贴申报表》报市财政局、粮食局。
市粮油调拨结算中心每月终了后10日内向市粮食局、财政局等部门上报各承储企业月末实物库存量，经市财政局等部门核实后，于每季度终了后20日内由市财政局将上季度的储备粮补贴拨付至承储企业。
八、储备粮监管
市发改委、财政局、粮食局和农发行等部门要共同加强对市级储备粮的监督管理，不定期地检查市级储备粮计划落实、库存管理、收储资金及综合补贴等政策的执行情况。
市粮食局负责建立市级储备粮管理信息系统，健全和完善市级储备粮的各项管理制度，采取全面普查、随机抽查等方式，强化对市级储备粮监管。同时每年要定期对承储库点的负责人、会统计、保管员等进行业务培训，不断提高基层工作人员的政策水平和业务技能。
市粮油调拨结算中心负责与市级储备粮承储企业签订监管协议书，进一步细化监管员岗位职责，对市级储备粮的品种、数量、质量和收购、储存、销售及基础管理等环节进行全过程跟踪检查，发现问题及时提出整改措施；问题严重的，下发整改通知书，责令限期改正，并报市粮食局备案。同时负责市级储备粮各类统计、仓储业务等报表的汇总、审核，定期上报市粮食局、财政局、农发行等部门，确保市级储备粮收支存账目清晰、真实有效。
