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1．对于事业单位性质的种子生产经营单位，应当剥离经营职能，整体转化为种子技术推广服务单位或与种子管理、农业技术推广部门合并，不再从事种子生产经营活动。
2．对于企业性质的种子生产经营单位，一是由农业行政主管部门实行内部改革，妥善解决人员安置，清产核资，依法注销经营单位。原企业的资产主要用于人员安置和增强种子管理机构的综合实力，提高管理水平。二是结合实际，采取职工持股、引进投资者等多种形式进行改革改制。改制中对资不抵债、无力解决职工安置的，由同级人民政府拨出专项资金妥善解决。改革改制工作由农业行政主管部门牵头负责，同级财政、国资部门进行监督。种子生产经营机构改制完成后，依照有关规定移交同级国有资产监督管理机构管理。
上述改革必须在2007年4月底前完成。到期未从农业行政主管部门分开的种子生产经营单位，农业行政主管部门不得再向其核发种子生产经营许可证，工商行政管理机关不再核发营业执照或办理年检，金融机构不得提供贷款，财政、发展改革、农业等部门不得安排项目和提供资金支持。
（二）做好善后工作，维护社会稳定
各地要采取有效措施，切实做好政企分开、事企分开后有关人员的善后工作，维护社会稳定。对分流的人员，可以采取多种方式妥善安置，并按规定做好社会保险参保或关系的接续。对辞退的人员，企业要按照国家和我省对企业与职工解除劳动合同的有关政策规定计发经济补偿金或安置费。经济补偿金、职工安置费用、社会保险费用等改革成本主要来源于本企业盘活存量资产变现收入、划拨土地处置变现收入以及依法出售自有产权公房和建筑物收入等，如有缺口，除由主管单位负责统筹解决部分资金外，可向同级人民政府申请解除劳动关系经济补偿金来解决。对国有种子企业的亏损应先清理，分析原因，分清责任，再根据实际情况由相关部门提出处理意见。
（三）健全管理机构，强化管理职能
种子管理是农业行政主管部门的重要职责，各级农业行政主管部门要进一步健全种子管理机构，特别是要强化省、县级种子管理机构建设。各级种子管理机构要依法履行农作物品种试验和审（认）定、种子质量监督检验、种子行政许可、行政处罚、种子市场管理等职责。对于一些地方种子管理职能弱化、分散的，要在2007年2月底之前重新赋予种子管理机构履行其管理种子工作的职能，以确保种子市场的有效监管，促进种子产业健康发展。
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