（六）2001年7月1日协查系统在全国运行后，手工邮寄异地协查信函的方式即已取消，凡需异地协查、取证的、均经协查系统发送协查信息。
公安机关与稽查局联合发函的可以发出纸制文件。
（七）已证实虚开的，经协查系统发送协查信息的同时发出纸制文件及相关资料。原则上，谁发电子信息谁就发纸制文件。
第十二条 防伪认证系统生成的委托协查按以下程序处理：
（一）对征收机关移送的认证不符合或密文有误发票，委托岗位人员应核对软盘数据与专用发票原件是否一致。两者数据一致的，予以签收（包括增值税专用发票原件），并将软盘数据导入协查系统；两者数据不一致的，不予签收。
（二）从认证系统接收的信息不得修改。协查名称由系统自动生成，系统不能自动补充的信息，应手工补齐，主要包括：涉及地区、审核人、涉嫌违法事实、附加要求、附件信息以及每份票的指定受托方等。如自动补充的纳税人档案信息与发票抵扣联不一致的，应依据发票票面信息进行修改。
（三）委托协查经审核后，提请领导岗位审批。对领导岗位审批同意发出的委托协查，提交网络发出委托协查。
第十三条 稽核系统生成的委托协查按以下程序处理：
（一）省、市稽查局的委托岗位人员，应分别于每月19日、17日前，从稽核系统提取比对不符、缺联、失控、作废、重号、红字抵扣联缺联的发票信息生成委托协查。
（二）从稽核系统提取的信息不得修改。协查名称由系统自动生成，委托岗位人员应对涉及地区、审核人、涉嫌违法事实、附加要求及发票受托方等信息作必要补充。
（三）委托协查经审核后，提请领导岗位审批。对领导岗位审批同意发出的委托协查，提交网络发出委托协查。
第十四条 价税合计1000万元以上不满5000万元的协查案件，由市州稽查局组织协查；价税合计5000万元以上不满1亿元的协查案件，由省稽查局组织协查；价税合计1亿元以上的协查案件，由总局稽查局组织协查。
下级稽查局对应由上级稽查局组织协查的案件，不得化整为零、拆分，不得以本级名义发出协查函或“已证实虚开的增值税专用发票通知单”。
下级稽查局根据《重大案件报告制度》上报的发票协查案件，上级稽查局应在接到报告之日起2日内确定协查组织机构，下级稽查局根据上级稽查局的决定，方可录入增值税专用发票信息。
