流域污染物排海量仍在增加，河口及其邻近海域环境没有得到根本性改善。近海生物多样性有所降低，海洋资源和环境承载力有所下降。海平面上升和长江入海泥沙量的减少将造成侵蚀海岸岸段增加、咸潮入侵加剧、海岸带湿地面积减少等，对上海海洋环境产生较大影响。
4、海洋科技力量有待整合和提高
上海海洋科研力量分散、规模较小，尚未形成合力，影响了海洋科技综合优势的发挥。企业尚未成为海洋技术创新的主体。以市场和需求为导向的科研决策与开发机制尚未形成，科技成果产业化进展较慢、转化率较低。
二、指导思想、基本原则和发展目标
（一）指导思想
“十一五”期间，上海海洋经济发展要紧紧围绕增强城市国际竞争力这一主线，根据建设国际经济、金融、贸易、航运中心之一和社会主义现代化国际大都市的需要，以科技进步为发展动力，加强宏观调控，完善体制机制，争取承担国家中长期科技发展规划中的有关重大项目，加快海洋产业和布局结构的优化调整，推动海洋高科技产业和海洋新兴产业的发展，促进海洋科技与海洋产业的联动，加强海洋生态环境保护和建设，提高海洋事业发展水平，实现海洋经济的可持续发展，不断提高海洋经济对上海发展的贡献率。
（二）基本原则
1、坚持科技兴海
加快海洋科技创新体系建设，优化海洋科技资源配置。进一步加强海洋科学技术的研究与开发，培养海洋科学研究、海洋开发与管理、海洋产业发展所需要的各类人才，加快产学研一体化发展，加强科技进步对海洋经济发展的带动作用。
2、坚持总量提升和结构优化相结合
深化海洋资源开发利用，持续快速发展海洋产业，优化海洋产业结构，转变海洋经济增长方式。优先发展海洋高科技产业，积极培育新兴海洋产业，调整提高传统海洋产业，形成具有上海特色的海洋经济发展格局，提高海洋经济发展的质量和效益。
3、坚持市场主导和政府引导相结合
充分发挥市场在海洋经济发展中的基础作用，培育多层次的海洋市场，发展海洋市场中介组织，完善市场运行机制。加强政府宏观调控，完善海洋管理机制，加强部门协调与合作，为海洋经济发展创造良好的政策和体制环境。
4、坚持海陆统筹和区域协调发展
充分依托长三角地区的广阔腹地，发挥沿江临海的区位优势，以上海国际航运中心建设为契机，实施海陆一体化开发战略，强化上海在交通、旅游等方面对周边地区的辐射和带动作用。
5、坚持生态建设和经济发展相协调
正确处理海洋资源开发和海洋生态环境保护的关系，更加重视海洋生态环境建设和保护，节约集约利用海洋资源；努力使海洋经济发展规模和速度与资源和环境的承载能力相适应，逐步实现海洋生态环境的良性循环，保证海洋经济的可持续发展。
