核心保护区内不得设置排污口；原有的排污口应当于调水前拆除。
重点保护区内应当严格限制设置排污口。
第二十五条 环境保护行政主管部门和其他部门应当严格执行禁止与限制开发建设的产业名录，并优先安排无污染或者污染轻的项目。
沿线区域内不得新建、改建、扩建污染严重的项目。建设其他项目的，应当符合污染物排放总量控制以及削减幅度的要求；不符合的，环境保护行政主管部门不得批准其环境影响评价文件。
第二十六条 核心保护区内除建设必要的水利、供水、航运和保护水源的项目外，不得新建、改建、扩建其他直接向水体排放污染物的项目；原有的直接向水体排放污染物的项目，应当于调水前拆除或者迁移。
第二十七条 重点保护区内不能做到稳定达标排放的污染严重的企业或者生产线，应当依法予以关闭、搬迁或者停止运行。
第二十八条 能够做到达标排放但仍对调水水质产生明显影响的造纸、酒精、化工、淀粉、印染等生产企业，应当对其排放的废水实施资源化处理。
第二十九条 煤炭、矿山、冶炼等用水量大且易于回收使用的企业，应当建设相应的截蓄回用设施，实现水资源的循环利用。
第四节 面源污染和其他污染防治
第三十条 任何单位和个人不得向水体排放、倾倒生活污水、垃圾、油类、酸液、碱液和剧毒废渣废液等有毒有害物质。
在核心保护区或者主要河流两岸露天堆放、储存固体废物以及煤炭、石灰等易污染水体的物质的，应当采取必要的防止污染水体的措施。
第三十一条 在沿线区域内禁止使用高毒、高残留的农药，并遵守下列规定：
（一）在一般保护区内应当逐步减少农药、化肥等农业投入品使用量；
（二）在重点保护区内限制使用农药、化肥等农业投入品；
（三）在核心保护区内禁止使用农药、化肥等农业投入品。
县级以上人民政府应当制定具体的政策和措施，推广使用有机肥和高效、低毒、低残留、易降解的农药，推行精确施肥、配方施肥等科学施肥技术，鼓励使用生物农药和采用病虫害综合防治技术。
