通过前三年的试点工作，进一步总结经验，积极研究和探索适应我区社会经济发展水平、农牧民经济承受能力、医疗服务供需状况的新型农村牧区合作医疗政策措施、运行机制、服务体系和监管方式。2007年，按照自治区人民政府的要求，在全区全面推行和建立新型农村牧区合作医疗制度。同时，逐步建立和完善农村牧区医疗救助制度。减轻农牧民因疾病带来的经济负担，提高农牧民健康水平，促进农村牧区经济和社会协调发展。
二、基本原则和要求
新型农村牧区合作医疗制度是由政府组织、引导、支持，农牧民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农牧民医疗互助共济制度。推进新型农村牧区合作医疗制度建设，要遵循“自愿、互助、公开、服务”的原则。
建立这项新制度是一项十分复杂、艰巨的工作，必须认清和把握新型农村牧区合作医疗的新特点。一要坚持农牧民以家庭为单位自愿参加，尊重农牧民意愿，不搞任何形式的强迫命令和硬性摊派。二要在农牧民个人筹资的基础上，加大政府支持力度，各级政府必须按要求落实补助资金，并按时足额到位，逐步建立起个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制，体现互助共济性质。三要突出以大病统筹为主，对农牧民的大额医药费和住院医药费用进行补助，重点解决农牧民因患大病而导致的贫困问题。四要以旗县为单位统筹，形成以旗县为主的管理体制，加强监管，增强抗风险能力。五要建立公开透明的管理和办事制度，赋予农牧民知情、参与、监管的权力，提高制度的公开、公平和公正性。六要把农牧民利益放在第一位，真正做到便民利民，让农牧民受益，得到比较满意的医疗卫生服务。七要由政府负责建立协调机构、经办机构和监管机构，加强领导、管理和监督。八要建立医疗救助制度，通过民政和扶贫部门资助贫困农牧民参加合作医疗并解决因病致贫的再补助。开展新农合工作，一定要把握上述要求，从维护广大农牧民根本利益出发，精心组织，精心运作，注重工作质量，扎实推进，为新型农村牧区合作医疗健康发展奠定良好基础。
三、主要内容
（一）组织管理
1．领导机构。自治区政府成立“内蒙古自治区新型农村牧区合作医疗工作协调领导小组”，负责制定全区农村牧区合作医疗发展规划和相关政策，指导和督查各地的工作，协调解决工作中的重大问题。各盟市要成立相应的领导机构，负责本地区的组织、协调、管理和指导工作。各旗县（市、区）及所属苏木乡镇人民政府成立由主要领导牵头，有关部门负责人和参加合作医疗的农牧民代表组成的农村牧区合作医疗管理委员会，负责制定具体的实施方案，做好组织、协调、管理和指导工作。嘎查村要成立合作医疗管理小组。
2．办事机构。自治区新型农村牧区合作医疗工作协调领导小组办公室设在自治区卫生厅。负责制定政策、调查研究、督办检查、信息收集等日常工作，各盟市要成立相应的机构，负责上述同类工作。各旗县（市、区）农村牧区合作医疗管理委员会下设办公室，挂靠旗县级卫生行政部门，具体负责合作医疗的业务管理和日常工作。苏木乡镇要建立经办机构，根据当地实际，可设在苏木乡镇政府或卫生院，负责办理合作医疗日常业务。经办机构的人员一般按20万人口以上的旗县配备6至8人，20万人口以下的旗县配备4至6人。苏木乡镇配备2至3人，工作人员由旗县（市、区）人民政府调剂解决。
