第九条 财政、海洋行政主管部门应明确专人负责专用票据、缴讫证及领销登记簿的领取、保管、使用和核销等工作；在领取上述票、证时，应认真检查有无缺页、漏页、重页；填写时应字迹清晰，如有填错，不得涂改，并须加盖“作废”章，整套保存备查；如有遗失，须立即登报声明作废，并报省财政、海洋行政主管部门备案。
第十条 海域使用人按批准用海面积和期限，全部或按年度缴清海域使用金后，海洋行政主管部门应为海域使用人开具专用票据，同时发给缴讫证。缴讫证粘贴在海域使用权证的“使用金缴讫”栏内，以备审验。
第十一条 在批准的海域使用期限内，分年度缴纳海域使用金的，从第二年度起海域使用金的缴纳期限为当年11月30日止。凡不按期缴纳海域使用金的，责令限期缴纳，并从逾期之日起，每日加征应缴纳年度海域使用金总额3‰的滞纳金。仍拒不缴纳的，由颁发海域使用权证书的人民政府注销海域使用权证书，收回海域使用权。
第十二条 海洋行政主管部门代征的海域使用金应当直接缴入同级财政部门在开户银行设立的“海域使用金财政专户”，实行收支两条线管理。对于直接到银行缴纳海域使用金有困难的，海洋行政主管部门可以代收海域使用金，但须在10日内将海域使用金缴入同级财政专户。
第十三条 财政部门每月5日前与同级海洋行政主管部门核对清算上月海域使用金收入。海洋行政主管部门应填写“海域使用金清算单”（以下简称“清算单”），清算单一式三联，第一联海洋行政主管部门存档，第二、三联交财政部门。
第十四条 财政部门应根据清算单及时清算，并按不高于海域使用金总额5%核定海洋行政主管部门代征手续费。代征手续费列入预算外资金管理，主要用于代征海域使用金过程中发生的日常管理费用。
第十五条 海域使用金财政专户每半年清算一次，30%上缴中央财政，10%上缴省财政，10%上缴市级财政，年终无余额。
第十六条 市、县（市、区）海洋行政主管部门应于每半年的后10日内，将半年的清算统计报表报省海洋行政主管部门。
