(一)在项目前期准备阶段，实行项目前期审计。主要审计：项目立项是否实行决策咨询评估制度；是否严格执行基本建设程序；建设规模和投资概算的审批与执行情况；是否实行项目法人责任制度；政府投资省属非经营性项目是否实行代理建设制；是否执行资本金制度；建设资金是否落实；项目使用单位参与设计审查及协助办理有关手续等。
(二)在项目建设实施阶段，实行概(预)算执行情况审计。主要审计：概算的审批、执行、调整的真实性和合法性；是否严格执行招标投标制度；是否实行合同管理制度，合同订立、履行、变更的真实性和合法性；代建制合同执行情况；是否执行财政集中支付制度；建设资金管理和使用的真实性和合法性；项目建设单位编制的年度会计报表的真实性和合法性；是否实行工程监理制度，监理履行职责情况；工程质量管理制度的有效性；征地拆迁费用支付和使用的真实性和合法性等。
(三)在项目建设阶段，根据需要开展专项审计和审计调查。主要审计调查：专项建设资金的征收、管理、使用情况；国家及省有关法律、法规、规章和制度的执行情况；与重大工程项目有关的重要事项或倾向性问题；省委、省政府要求查明的事项等。
(四)在项目竣工验收阶段，实行竣工决算审计。主要审计：项目前期审计及项目概(预)算执行情况审计规定的有关内容；是否实行交工、竣工验收制度；建设成本的真实性和合法性；工程价款结算的真实性、合法性及工程造价控制的有效性；建设单位编制竣工决算报表以及交付使用资产的真实性和合法性；与项目直接有关的收费和其他财务收支事项的真实性、合法性；尾工工程和预留资金的真实性和合法性；评价项目投资效益等。
五、发展改革、财政、建设、国土资源、代建项目管理机构等项目审批、管理部门，应当将重大工程项目建设计划、预算拨款安排及执行情况等有关文件资料抄送审计机关，并依照各自的职责，协同审计机关做好对重大工程项目的审计监督工作。
与项目有关的建设、代建单位、勘察、设计、施工、采购、监理、征地等单位，要自觉接受和配合审计，按审计机关的要求提供与审计事项有关的资料，如实反映建设项目有关情况，不得拒绝、拖延、阻碍审计人员依法履行职责。
六、省审计机关要指导、协调好省直各部门内部审计工作，各有关部门内部审计要积极配合省审计机关的工作。充分发挥审计机关在财政拨款建设工程中审计监督的主导作用，加强内部审计和社会中介机构审计工作，形成合力，确保审计监督落到实处。
