在资源整合方案实施中，被整合的煤矿彻底关闭，整合的主体煤矿“六证”齐全且均在有效期内，整合主体矿井生产系统不改变的，可以不暂扣其相关证照，允许正常生产，直至相关证照到期或进入矿井改扩建施工程序。在矿井设计和安全设施设计批准后，立即由地方政府责令停止生产，有关部门吊（注）销安全生产许可证、煤炭生产许可证和工商营业执照（或取消采矿经营项目），严禁边建设边生产。对整合主体矿井生产系统是否改变的认定工作由市（州）煤炭行业管理部门负责，并告之有关部门。
对责令停止生产的整合主体煤矿，由县级政府通知供电部门限制供电、公安部门依法暂停民用爆炸物品的供应，暂扣民用爆炸物品使用、储存许可证，同时清缴剩余民用爆炸物品。
三、对纳入资源整合范围被整合关闭的矿井和因“六证”不全以及不具备安全生产条件被关闭的矿井，在有关部门吊（注）销有关证照后，由县级人民政府实施关闭，在2006年12月31日前关闭到位。对资源整合后确需利用的井筒可予以保留。
四、对未纳入资源整合范围、资源接近枯竭和生产能力在3万吨/年及以下等属于淘汰类的矿井，采矿许可证到期一个关闭一个，2007年12月31日前全部实施关闭。其中属于煤与瓦斯突出、水害威胁严重的在2006年12月31日前关闭。
五、纳入资源整合范围的煤矿企业，拒绝进行资源整合或态度消极影响资源整合工作顺利开展的，由县级人民政府依法实施关闭。
六、纳入资源整合范围的矿井，必须履行煤矿建设项目相关核准手续和“三同时”（安全设施与主体工程同时设计、同时施工、同时投入生产和使用）审批程序。
七、资源整合后新设立的煤矿企业由工商行政管理部门对企业名称进行预核准。
八、省国土资源厅对参与整合的矿井（包括整合主体矿井）先注销原采矿许可证，对整合后的资源依法划定矿区范围并对整合后的资源开发利用方案进行审查，依法办理采矿许可证。
九、由整合主体矿井法人委托有相应资质的设计单位进行矿井设计、安全设施设计，并按煤矿建设项目程序报批。矿井设计由省煤炭局审批，安全设施设计由吉林煤矿安全监察局审批。
