指挥部各成员单位职责如下：
市卫生局：负责组织制定突发公共卫生事件医疗救治和预防控制技术方案；组织实施应急医疗救治工作,落实各项预防控制措施和实施卫生监督，并检查、督导其落实情况；根据预防控制工作需要，向市应急指挥部提出实施隔离、封锁等重大措施的建议。
市委宣传部：把握突发公共卫生事件应急处理的舆论导向，实事求是的报道本市突发公共卫生事件应急处理工作；加强对新闻媒体的管理，负责做好新闻宣传口径的审核；协助做好群众防病知识宣传。
市监察局：负责突发公共卫生事件应急处理工作的监察检查，查处应急处理工作中的违纪行为。
市外侨办、市台办：突发公共卫生事件发生时，会同有关部门做好驻昌涉外机构、台资企业的协调、沟通；协调在昌外籍人员和海外侨胞、港澳同胞、台胞的应急救治、涉外宣传及其他突发公共卫生事件应急处理的涉外事务。
市发改委：负责将公共卫生体系建设工作列入国民经济和社会发展总体规划，加大公共卫生基础设施建设的投入；加强对突发公共卫生事件给国民经济和社会发展的影响及有关药品和相关商品供求情况的监测分析和预警；配合有关部门做好突发公共卫生事件的应急处理工作。
市教育局：督促、指导学校、幼托机构加大公共卫生基础设施建设投入；加强学校传染病、食品卫生等公共卫生安全管理，落实公共卫生管理制度；组织实施学校中的突发公共卫生事件控制措施，防止突发公共卫生事件在学校内发生；做好在校学生、教职工的宣传教育和自我防护工作。
市公安局：密切注视与突发公共卫生事件有关的社会动态，依法、及时、妥善地处置与疫情有关的突发公共卫生事件，查处打击违法犯罪活动，维护社会稳定；协助卫生等部门及时封锁可疑区域，负责封锁区的治安管理、交通疏导，保障突发公共卫生事件应急处理车辆、人员迅速抵达现场；对不配合隔离治疗和医学观察的病人和密切接触者，协助采取强制性措施。
市财政局：负责安排全市突发公共卫生事件应急处理所需经费，确保用于应对突发公共卫生事件所需的防治药品、消杀药品、监测检验试剂和器材、各种防护器材等的物资储备；负责对突发公共卫生事件经费使用情况的监督管理。
市交通局、南昌铁路局、江西省机场集团公司：督促运输单位落实各项预防措施，根据应急处理工作的需要，对乘坐交通工具的人员进行交通检疫、查验工作，防止传染病通过交通运输环节传播；确保突发公共卫生事件应急处置人员以及防治药品器械等应急物资的运送，优先安排疫区紧缺物资和人员疏散的运送；做好疫区的交通管理。
市农业局：组织做好家畜家禽疫病的防治，开展与人类接触密切的家畜家禽相关传染病的监测和管理工作；向卫生行政部门通报有关动物疫情情况，采取严密措施控制动物疫情蔓延。
市林业局：负责野生动物相关传染病的监测和管理。
市质量技术监督局：负责用于突发公共卫生事件应急处理相关物资、产品的质量监督。
市广电局：负责广电系统突发公共卫生事件应急宣传工作，开展应急行动期间突发公共卫生事件防治知识的公益性宣传，跟踪报道防治工作进展和动态。
市工商局：加强市场监管和广告监管，严厉查处借突发公共卫生事件之机误导消费者和非法牟利的行为，维护市场秩序。
市食品药品监督管理局：负责突发公共卫生事件应急处理药品、医疗器械的质量监督；协助做好有关药品、医疗器械的生产、供应和储备；协调重大食物中毒事故应急处理。
市经贸委、市商贸委：负责应急疫苗、药品设备和器械、消杀防护用品以及生活必需品的储备和调度；组织市场物资供应，确保市场稳定；监督市场物价，维护市场秩序。
市市容局、市市政公用局：负责应急期间市容环境卫生整治，突发公共卫生事件发生地生活垃圾、废弃物的收集处理；确保生产生活用水、燃气正常供应。
市城市管理行政执法局：根据突发公共卫生事件应急处置需要,实施城市管理行政执法工作。
市民政局：组织协调受灾群众的紧急转移、安置工作；检查落实对特困群众的生活救助和医疗救助；组织、协调有关部门和社会团体开展社会捐助工作，接受、分配国内外企业、个人以及外国政府、境外组织捐助的资金和物资，做好款物管理和发放工作；协助做好突发公共卫生事件中死亡人员的无害化处理和有关善后工作。
市科技局：组织科技力量协作攻关，支持对突发公共卫生事件预防控制、临床治疗、实验室检验等各项科学研究。
市劳动和社会保障局、市人事局：督促检查有关单位落实传染病病人、疑似病人、密切接触者医学观察期间的各项工资福利待遇情况，落实传染病病人基本医疗保险和必要的医疗补助金。
市旅游局：组织旅游行业做好突发公共卫生事件的预防和应急处理；在突发公共卫生事件发生期间，组织做好旅游团队及人员的宣传、登记、观察工作，严格旅游团队档案管理；建立严格的突发公共卫生事件报告制度，防止突发公共卫生事件在旅游团队中发生和通过旅游活动跨地区传播扩散。
市环保局：负责因环境污染引起的突发公共卫生事件应急处理，负责医院污水、医疗废物集中处置的监管；向卫生行政部门通报环境污染事件。
市气象局：负责全市突发公共卫生事件应急期间的天气保障服务，参与全市突发公共卫生事件演变的分析预测。
南华医药集团公司：组织安排防治药品的生产；负责集团所属商业企业防治医药用品的统一经营和调配；及时了解掌握防治医药用品的市场信息，加强与外地医药用品生产厂家的沟通；突发公共卫生事件发生期间，实行集团所属商业企业有关医药用品库存和市场销售情况的定期报告制度。
市爱卫办：突发公共卫生事件发生时和消除后，组织全社会开展爱国卫生运动。
市红十字会：负责组织群众开展现场自救和互救；根据需要，通过上级红十字会向国内外发出救助呼吁，依法开展募捐，接受国内外组织和个人的捐赠，提供急需的人道主义救助。
驻昌部队、武警：支援地方公共卫生体系建设和做好突发公共卫生事件的应急处理工作，参与公共卫生综合整治活动。
市直其他有关部门也应根据本部门工作性质与职责，配合实施突发公共卫生事件应急处理措施，完成市应急指挥部交办的工作。
2.1.2 现场指挥部的设定
特别重大、重大及较大突发公共卫生事件发生后，市应急指挥部可以根据需要，在事发地设立现场指挥部，总指挥由市人民政府分管领导担任，或者由市应急指挥部指定，事发地有关部门和单位负责人为指挥部成员。现场指挥部的主要职责是：在市应急指挥部的领导下，具体负责事发现场应急处置工作的指挥；全面掌握事件发展态势，及时向市应急指挥部报告有关情况，为上级决策提出建议；检查督促各项防治措施落实情况。
2.1.3 县（区）突发公共卫生事件应急指挥部的设立
突发公共卫生事件发生时，县（区）人民政府应成立相应的应急指挥部，负责本地区突发公共卫生事件应急处理的协调和指挥，实施各项应急措施。
2.2 日常管理机构及职责
