（十）疾病控制处
研究制订全区传染病、地方病、慢性非传染性疾病等重大疾病防治规划与策略和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施，提出并组织实施重大传染病、地方病、慢性非传染性疾病的综合预防控制规划和重大项目，对落实情况进行监督检查；协调有关部门对重大疾病和公共卫生实施防控和干预，组织实施全区免疫规划工作的管理，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疾病的发生与疫情的蔓延；指导疾病预防控制体系建设；承办自治区政府防治艾滋病工作委员会日常工作。
（十一）保健处
贯彻落实中央及自治区党委干部保健工作政策和规章制度；负责自治区保健委员会确定的保健对象的医疗保健和预防保健工作及有关干部的预防保健和健康教育工作；负责自治区党委、人大、政府、政协重要会议、重大活动的医疗保健和卫生防病的组织工作；检查指导自治区干部保健基地和盟市干部保健工作；承担自治区保健委员会办公室的日常工作。
（十二）机关党委
负责厅机关及直属单位的党群工作。负责卫生厅机关、直属单位党的建设及工会、共青团、妇女工作；负责制定卫生厅系统党的思想、组织、作风、制度建设规划，并组织实施；负责卫生厅机关及直属单位防范和处理邪教问题及相关的稳定工作；负责卫生厅系统行业作风建设等精神文明建设工作；制订实施卫生厅系统普法教育工作规划。
（十三）离退休人员工作处
贯彻执行党和国家及自治区离退休人员工作方针和政策，负责落实机关离退休人员的政治、生活待遇等有关工作，指导直属单位开展离退休人员工作。
（十四）驻卫生厅纪检组（监察室）
承办自治区纪律检查委员会和自治区监察厅交办的工作，负责落实驻卫生部纪检组（监察室）安排部署的各项工作。
二、部分直属事业单位主要职能
（一）内蒙古自治区健康教育研究所
具体承办全区健康教育和健康促进工作。负责制定自治区健康教育发展规划和计划；开展和执行国际、国内健康教育合作项目，并对项目执行情况进行指导、监督、监测及评估；负责开发、引进和推广健康教育科研项目和成果；负责自治区健康教育需求调研、指导、监测、评价；负责开展调研、培训、宣传、收集、整理传递最新医学科技信息和成果；负责在自治区开展健康教育传播。承办自治区爱国卫生运动委员会日常工作。承担健康报内蒙古记者站和内蒙古电视台驻卫生厅记者站工作；承担卫生新闻宣传报道工作；负责医学科研课题及成果查新检索；承担卫生厅交办的其他工作任务。
