第十二条 市政府科技管理部门组织专家对重大专项项目进行立项咨询论证，商重大专项管理办公室择优下达项目立项计划。
第十三条 列入计划的重大专项项目按市科技计划有关规定管理，建立项目责任制、年度报告制、阶段评估制、验收考评制、信息发布制等管理制度，保证重大专项的实施质量和效果。
第十四条 重大专项实行动态调整、滚动支持的运行机制。重大专项管理办公室根据实施过程中的客观实际情况和评估检查情况的需要，提出重大专项项目适时调整意见；根据实施进展情况和需求变化情况的需要，提出重大专项主题或项目滚动支持意见，涉及投入资金的各方按各自有关管理规定履行程序后，由市政府科技管理部门按程序统一下达调整计划。
第十五条 重大专项形成的技术文件、科技成果、固定资产、知识产权等按市科技计划管理有关规定进行管理，并建立数据、成果、大型仪器设备的共享机制。重大专项提出方根据工作需要，可以对重大专项成果的标识、统计等工作提出要求，并在相关规定确定的范围内使用。
第十六条 市政府科技管理部门对重大专项首席专家、项目负责人、依托单位等关系人建立信用档案，作为后续支持的依据；会同重大专项提出方对重大专项相关管理责任人进行绩效考评，按有关规定进行奖惩。
第四章 经费管理
第十七条 重大专项经费由财政性经费（包括上级财政专项经费、市级财政科技经费、市级其他财政经费等）、项目承担单位自筹经费、银行贷款等多渠道筹集。其中，财政性经费投入原则上不超过总投入的50%。
第十八条 重大专项市级财政经费的使用和管理，按重大专项提出方各自的管理办法执行，并在项目计划任务书中约定。涉及固定资产投资的项目按有关规定履行审批手续。
第十九条 重大专项财政经费拨付后，项目承担单位须专项管理，专款专用。财政科技经费在重大专项验收时，应进行专项财务审计；必要时重大专项实施过程中，也可以进行经费审计。对不符合有关规定的经费支出，应予追回，并追究相关人员的责任。
