省局稽查局或市局稽查局对不需本局直接调查的协查内容应于收到协查函后的两个工作日内分类发往有关市局或县（市）局稽查局组织调查；各稽查局对不属于本稽查局管辖的协查内容，也要做好登记工作，并于两个工作日内发往有管辖权的稽查部门。
对与公安部门联合查办的涉税案件，各级稽查局在收到协查任务后应加强与本级公安部门的联络和沟通，必要时可与公安部门联合开展案件的调查工作。
2、协查实施
协查工作人员必须严格按照稽查工作有关要求和程序，按照协查内容要求，根据案件的基本情况及时、认真、仔细、有针对性有重点地开展调查工作，调查过程中要做好案件有关证据的收集和固定工作，确保调查工作质量。
3、协查反馈
对协查完毕的案件，各地应按照发函方要求回复的结果，及时地进行协查情况反馈。对发函方没有提出要求而调查过程中发现的案件其它有关线索和情况，按照稽查工作有关要求进行回复。
协查事项不论有否涉嫌违法犯罪，都必须给予回复。
4、协查时间
对有要求在规定的时间内将协查内容进行反馈的，应在要求时间内及时完成并予以回复。对未作具体时间要求的，收到协查函后一般应在10个工作日内发出答复函，以上时间不包括上级机关交办或其它单位转办的中转时间。
如案情复杂或由于其它不可抗力的原因，不能在对方要求或规定的期限内完成协查工作的，经分管局领导批准在合适的延长时间内完成调查工作。对发函方有时间要求的，应告知延期原因和查处进展有关情况；对上级交办的协查案件，出现上述情况应及时汇报有关情况。
五、其他有关工作要求
1、案件协查过程时，稽查人员发现协查内容以外的其他涉税违法行为的，应及时向分管局领导报告，经分管局领导批准后按稽查工作有关要求进行调查处理。对涉及本局管辖范围外的纳税人或事项应在三个工作日内告知有管辖权的税务机关或其它有关部门。
2、在进行发票案件协查时，要按照总局有关规定，做好发票协查的传递工作，不实施具体的审核检查工作，只负责对属于涉嫌偷税的发票进行审核查处。
3、协查人员在协查案件过程中要遵守办案纪律，做好安全保密工作，不得泄露涉案的有关情况。对受托协查的各类事项不得推诿、敷衍，更不得提供虚假信息。对协查工作中不负责任、徇私枉法或提供虚假回复内容的，一经查实将按照有关规定严肃处理。
