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与北京市的教育改革与发展的要求相比，“十五”期间的教育科学研究还存在一些不足，主要是：体现区域特色和学校特色的研究成果数量不多；一些选题论证不充分，重复研究较多，积累和创新不够；缺乏重大的、得到广泛认可的实验研究，教学实验研究有泛化倾向；研究资源的整合机制尚不健全，大学与中小学教师的合作研究还有待进一步规范；科研成果的评价、推广和应用工作相对薄弱。
（二）“十一五”期间北京教育科学研究基本任务
科学发展观是指导发展的世界观和方法论的集中体现，不仅为教育科学发展提供了明确的指导，而且也为教育科学研究提出了重要任务。为适应首都学习型城市建设和到2010年基本实现教育现代化的需要，教育体系的创新、素质教育的开展、教育平等的推进将成为教育科学研究的重点关注领域。
1．理论与政策研究
关注首都教育的全局性、战略性问题，关注小康社会与社会主义和谐社会建设对首都教育提出的新任务和新要求，关注北京奥运会背景下的教育内容、方法的充实改进，关注构建学习型城市等对各级各类教育特别是对职业教育和成人教育的挑战，关注首都基础教育的均衡发展等问题。
随着高中课程改革的全面推行，新课程改革所提出的诸多现实问题仍将是未来五年政策研究的重点。
2．实践与行动研究
从以单个教师、干部为主的研究过渡到校本合作研究、部门合作研究是今后几年的基本趋势。在课题组织方式上，将鼓励校际合作研究，加强部门间、各区县间的合作研究，并强化校际之间、部门之间、各区县之间的资源共享。
以促进教师专业化发展、培养实践反思型教师为目的的校本研究，将是今后中小学实践研究的基本发展方向，采取有效措施大力推进校本研究是教育科学研究规划的重要任务之一。
3．研究的方式与方法
在研究方式上，鼓励大学教育理论工作者基于中小学教育教学实践工作遇到的问题、困难，进行专业引领与智慧共享的“对话”，形成教育理论者与实践者真正协作性的“研究共同体”，推动教育理论与实践者的相互促进与发展。鼓励以推进中小学教育教学和管理工作革新为主要目标的大学-中小学的合作研究和大学-教育科研机构-教育行政部门的合作研究，鼓励和支持在先进理论指导下扎实有效的教学改革实验研究。
在研究方法上将更加关注调查法、实验法等实证研究，从而弥补单纯理论研究的不足。
4．研究成果及其应用
“十一五”期间，研究成果将更加多样化，以符合不同的研究类型并产生更强的实践效果。同时应当更加关注成果的鉴定、宣传与推广。通过成果管理的逐步规范，清除虚假研究和实验。
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