基本支出预算主要采取定员定额的方法，分人员经费和公用经费两类编制。要依据国家有关政策规章，综合考虑财力状况及单位基本支出的客观需要，根据不同类型预算单位的具体情况，采用科学规范的方法分类、分档制订定额标准。定额标准要科学、合理、公平、公正，兼顾实际需要和财力可能。要建立预算单位基础信息库，全面掌握预算单位人员、资产等基本情况，提高基本支出预算编制质量。
项目支出预算要采取项目库管理的方式，根据国家有关方针、政策和部门行政工作任务、事业发展目标，结合财力状况，参照以前年度项目绩效考评结果，分别轻重缓急，合理安排。要坚持集中财力办大事的原则，优先安排政府确定的重点项目、符合国民经济和社会发展计划、符合国家财政宏观调控和产业政策的项目，保障政府施政目标的实现和部门履行职能的需要。要建立项目库，编制规范的项目支出预算，实行项目滚动管理。
（三）明确部门预算编制规程。
部门预算要从基层预算单位逐级编制，一般经过部门按照要求上报预算建议、财政审核后下达预算控制限额、部门在限额内细化编报预算、财政批复部门预算等四个阶段，遵循“二上二下”的基本程序。根据预算管理需要和实际情况，要确定“上”与“下”的具体流程，明确预算编制各阶段的具体任务和有关方面的职责分工，合理延长部门预算编制时间，逐步推行标准周期预算制度，实现预算编制的程序化、规范化和制度化。
三、深化和推进部门预算改革的重点
根据新时期财政工作面临的形势和任务，按照预算管理制度改革的总体规划，深化部门预算改革的重点是继续规范和完善预算决策、分配机制，全面推进预算管理各项改革，切实加强预算管理监督，探索建立预算绩效考评体系，促进部门预算管理的法制化、科学化、规范化，确保财政资金使用的规范、安全、有效。
（一）继续完善预算分配制度。一是要不断完善定员定额管理体系，在研究制订资产配置标准的同时，积极开展实物费用定额试点工作，逐步建立预算定额与实物资产相结合的定额标准体系。二是要结合事业单位体制改革，探索和研究适合不同类型事业单位特点、科学规范的事业单位预算管理方式和经费供给形式。三是要加快项目库建设，做好项目分类和清理工作，稳步推进项目预算滚动管理，增强年度预算之间的连续性。四是要按照新的政府收支分类，逐步将项目支出预算细化到经济分类，明晰反映政府各项支出用途。五是要规范财政拨款结余资金管理，加大结余资金统筹使用的力度，将结余资金情况和预算编制切实结合起来，优化财政资源配置，提高财政资金使用效益。
