第五条 区县畜牧主管部门应做好项目的前期立项工作。在每年的10月底前提出第二年度的治理计划和治理目标，填写《养殖场污染治理申请表》，并附有当地环保部门对养殖场的污染测试报告，报市农业局审批。上报治理的养殖场应具有经工商部门注册的独立法人资格、不在生活饮用水水源区、风景名胜区、自然保护区的核心区及缓冲区内、有发展前景、对水资源占用量大、污染较为严重、对周围环境有较大影响。
第六条 禁止养殖场重复申报。
第七条 市农业局根据上报的区县养殖场治理计划，组织有关专家审核，提出《年度养殖场污染治理实施方案》(以下简称《实施方案》)。经与市环保局、市财政局协商后确定《实施方案》，并与区县畜牧主管部门签订项目合同书。
第八条 区县畜牧主管部门要严格执行市农业局下发的《实施方案》，落实施工单位。选定的施工单位应有资质证明和工程经历，并按照工艺要求制定《治理工程建设方案》(包括经费预算)。区县畜牧主管部门和养殖场组织对施工单位制定的方案进行评审，通过后方可施工。区县畜牧主管部门将《治理工程建设方案》报市农业局备案。
第九条 区县畜牧主管部门和养殖场应加强对项目全过程的管理，为施工单位提供必要条件，确保工程保质按时完工。
第十条 治理工程完工后，区县畜牧主管部门应及时组织检查，协调当地环保部门开展环境检测，进行治理效果评估，不合格的应限期整改。全部工作完成后，区县畜牧主管部门填写《养殖场污染治理完成情况表》，撰写自查总结，报市农业局申请市级检查验收。
第十一条 区县畜牧主管部门要加强对项目建设信息和资料的管理，及时向农业局反馈项目进展情况，再由市农业局向市环保局、市财政局以及区县畜牧主管部门通报。有关项目建设的文件、技术资料、环境监测报告、检查验收资料、资金审批和审计报告、图片照片、声像资料等，区县畜牧主管部门要有专人负责，归档保存，严格管理。
第三章 资金管理
第十二条 资金管理按照《北京市农业局财政专项资金管理暂行办法》执行。
第四章 检查验收
第十三条 市农业局会同市环保局、市财政局根据项目实施计划安排，联合组成检查验收组，开展检查验收工作。
