乡镇畜牧兽医站的主要任务是：依法实施行政区域内动物疫病的防疫、强制免疫和承担动物、动物产品的检疫工作；实施动物疫情调查、动物疫病监测、动物疫情报告和畜禽圈舍等环境的消毒工作；负责兽药、饲料等养殖业投入品的监督管理和种畜禽管理工作；承担畜牧兽医技术推广、畜牧业生产统计工作等公益性工作。
各区县（自治县、市）要加强村级防疫网络建设，配备村级动物防疫员，在基层畜牧兽医站的指导下，协助做好村级动物疫病的免疫、消毒和疫情观察报告等工作。
各区县（自治县、市）兽医行政主管部门要加强对基层畜牧兽医站的管理，建立健全相关工作制度，落实防控工作责任制和责任追究制，创新与防疫效果挂钩的绩效考核运行机制。
四、加强兽医队伍建设
逐步推行官方兽医制度。官方兽医是指经资格认可、法律授权或政府任命，有权出具动物卫生证书的国家兽医工作人员。根据国家的统一部署，对现有的兽医工作人员，要通过业务培训提高综合素质和业务水平，并经过资格认可、政府任命的办法，逐步进入官方兽医队伍。
逐步实行执业兽医制度。从事动物疫病诊断、治疗和动物保健活动的兽医人员，必须具备一定的专业知识水平和工作条件，经县级兽医行政管理部门培训和考试、考核，取得执业兽医资格，并依法注册，持证上岗。从乡镇畜牧兽医站分离出来的经营性人员，取得执业兽医资格后，可以组建乡镇动物诊疗机构，依法开展动物诊疗活动，符合兽药、饲料经营条件的，可以从事兽药、饲料经营活动，大力开展多种形式的经营服务。各区县（自治县、市）可以建立兽医行业协会，加强行业自律，规范从业行为。县级兽医行政管理部门要加强对执业兽医人员的管理。
切实加强兽医能力建设。要重视和加强兽医教育和培训，保证人力资源储备，提高从业人员素质。要加强兽医科学研究，完善动物疫病控制手段，建立健全风险评估机制，提高科学防治水平。
五、建立完善兽医工作的公共财政保障机制
建立科学合理的经费保障机制。兽医行政管理、行政执法、技术支持工作和基层畜牧兽医站所需经费应纳入各级财政预算，统一管理。动物疫病监测、预防、控制、扑灭经费及动物产品有毒有害物质残留检测等经费，由各级财政纳入预算，及时拨付。按国家规定收取的防疫、检疫等行政事业费一律上缴同级财政，实行“收支两条线”。对经费使用情况要加强监督管理，确保专款专用。
