医政药政处主要职责是：贯彻执行兽医医政、药政方面的法律法规；动物诊疗机构、官方兽医、执业兽医的管理；兽药产品的审核申报和兽药生产、经营、使用环节的监督管理等工作。防疫检疫处（重庆市防治动物重大疫病指挥部办公室）主要职责是：负责制定和组织实施重大动物疫病防治规划；动物防疫检疫的监督管理；兽医实验室生物安全管理、应急疫情处置的组织协调和防控物资的管理等工作。
区县（自治县、市）已经独立设立畜牧兽医管理机构的，名称统一为畜牧兽医局。一些畜牧业比重大、兽医工作任务重的区县（自治县、市），应当在机构限额内独立设立畜牧兽医局；对于因城市功能定位正在强化，畜牧业生产比重小、兽医工作任务较轻而没有设立独立畜牧兽医行政管理机构的近郊区县（市），可在农业管理机构内增挂畜牧兽医局的牌子，同时加强和完善兽医行政管理内设机构，强化兽医工作的行政职能。纳入政府序列的畜牧兽医局按规定程序报市有关部门审批。
（二）整合力量，建立健全兽医行政执法、技术支持机构
本着兽医行政执法和技术支持体系相分离的原则，对动物防疫、检疫、监督机构及饲料兽药的执法职能与人员和装备进行整合。
将重庆市动物卫生监督总站分设为重庆市动物卫生监督所和重庆市动物疫病预防控制中心（挂重庆市兽药饲料检测所的牌子）。
重庆市动物卫生监督所的主要职责是：依法实施动物防疫、动物及动物产品检疫、动物产品安全和兽药饲料监管等行政执法工作。
重庆市动物疫病预防控制中心主要职责是：负责动物疫病的监测、预警、预报、实验室诊断、流行病学调查、疫情报告；提出重大动物疫病防控技术方案；动物疫病预防的技术指导、技术培训、科普宣传；承担动物产品安全和兽药饲料的检测检验工作。
各区县（自治县、市）根据畜牧兽医工作的实际情况和兽医人员构成特点，可以分别设立动物卫生监督所和动物疫病预防控制中心；也可以整合力量，设立动物卫生监督所，并加挂动物疫病预防控制中心的牌子，实行两块牌子，一套班子。
各级兽医工作机构的人员编制，由同级机构编制部门会同财政和兽医行政主管部门核定。
（三）加强基层动物防疫机构建设
基层动物防疫机构是动物疫病防治工作的基础。根据《中共重庆市委重庆市人民政府关于加快基层农业服务体系改革与建设的意见》（渝委发〔2005〕20号）精神，已经按照公益性与经营性职能相分离的原则进行改革的区县（自治县、市），其公益性人员的经费应全额纳入财政预算，进入乡镇农业技术服务中心的，按照《
国务院关于推进兽医管理体制改革的若干意见》的规定，应当立即从中心分离出来，独立设站，人员、业务、经费由县级兽医行政主管部门管理；尚未完成乡镇畜牧兽医站改革的区县（自治县、市），必须加快改革步伐，实行一步到位，独立设站，“三权”归县。
