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其主要职责：发布启动自治区重大食品安全事故应急预案的命令；领导、组织、协调、督查事故应急救援工作；负责应急救援重大事项的决策；负责发布事故的重要新闻信息；决定重大食品安全事故应急救援处理系统、保障体系建设事宜，审议批准应急指挥部办公室提交的工作报告等；向自治区人民政府和国家食品药品监管局报告事故救援情况。
3.1.2 应急指挥部成员单位主要职责
自治区食品药品监管局：负责自治区重大食品安全事故应急指挥部办公室工作；组织协调重大食品安全事故应急处理和救援工作；负责食品安全事故信息收集、分析、报告、通报、处理工作；组织编制和修订应急预案；建立食品安全专家库；开展应急救援宣传、教育、培训等工作。
自治区党委宣传部：负责指导、协调新闻宣传单位做好重大食品安全事故的新闻报道工作。
自治区卫生厅：按照国家《突发公共卫生事件应急条例》有关规定，负责突发重大食物中毒的应急响应及医疗救治，开展对重大食物中毒事故原因调查处理和相关技术鉴定等工作。
自治区农牧厅：按照《中华人民共和国农产品质量法》的有关规定，负责重大农产品质量安全事故的调查处理和相关产品的技术鉴定等工作。
自治区质监局：依法开展对食品生产、加工环节造成的重大食品安全事故原因调查处理和相关技术鉴定等工作。
自治区工商局：依法开展对流通环节造成的重大食品安全事故违法行为的调查处理等工作。
自治区教育厅：负责协助卫生等部门对学校饮用水、食堂、学生营养餐造成重大食品安全事故原因调查及组织应急处理工作，并按有关规定及时上报教育部；根据突发事件的性质和调查结果，对有关责任单位进行通报；及时向有关市县教育部门通报突发事件相关信息，并督促各地认真开展防控工作。
自治区公安厅：负责组织、指导、协调重大食品安全事故涉嫌犯罪案件的侦查工作，组织指导事发地公安机关维护社会稳定。
自治区财政厅：负责重大食品安全事故应急救援资金保障及管理。
自治区商务厅：负责协调、组织重大食品安全事故应急救援所需生活必需品的供应，参与畜禽屠宰加工环节以及流通领域中重大食品安全事故的调查处理。
宁夏出入境检验检疫局：依法对进出口食品造成重大食品安全事故原因调查处理和相关技术鉴定等工作。
自治区粮食局：负责组织粮油收购、储存、运输环节造成重大食品安全事故原因调查处理和相关技术鉴定等工作。
自治区环保局：负责因环境污染造成重大食品安全事故或环境污染公害事件的违法行为调查及环境监测工作，并按有关规定及时上报国家环保总局；协调、指导事发地人民政府对环境污染违法行为的处理；负责受污染食品毒害机理的调查和环境污染治理。
自治区民委：协助有关部门对清真食品造成的重大食品安全事故原因调查和应急处理工作。
自治区建设厅：负责协助卫生等部门对建筑工地食堂重大食品安全事故原因调查和组织应急处理工作。
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