建设创新型国家，核心就是把增强自主创新能力作为发展科学技术的战略基点，走出中国特色自主创新能力道路，推动科学技术的跨越式发展；就是把增强自主创新能力作为调整产业结构、转变增长方式的中心环节，建设资源节约型社会，推动国民经济又快又好发展；就是把增强自主创新能力作为国家战略，贯穿到现代化建设各个方面，激发全民族创新精神，培养高水平创新人才，形成有利于自主创新的体制和机制，大力推进理论创新、制度创新、科技创新，为全面建设小康社会提供强有力的支撑。
把加强自主创新，建设创新型省份，作为福建中长期科技发展战略，既是适应创新型国家建设的需要，也是福建经济社会发展的现实要求。我省人均资源相对贫乏，要实现提前全面建设小康社会的目标，不仅面临日益突出的人口、资源、环境约束，而且面临发达国家和周边长三角、珠三角区域，以及海峡对岸台湾省在经济科技占有优势的挑战。为此，我们必须坚持科学发展观，贯彻落实“建设创新型国家”的战略和省委、省政府建设海峡西岸经济区的部署，建设创新型省份，依靠自主创新带动生产力质的飞跃，实现经济社会全面、协调、可持续发展。
建设创新型省份，必须使自主创新在经济的各个层面得到有效发挥和充分体现。一是要促进实现经济增长方式由要素驱动向创新驱动的根本转变；二是要促进社会发展方式从高消耗、高污染向资源节约、环境友好和可持续发展转变；三是为提升我省对外开放与山海协作水平提供重要发展手段；四是把自主创新摆在科技工作的核心位置，将我省科技事业推向更高的发展阶段。
三、指导方针、发展目标和总体部署
（一）指导方针
以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面贯彻党中央、国务院建设创新型国家的战略决策和省委、省政府建设海峡西岸经济区的战略部署，认真落实科学发展观，坚持以人为本，着力建设创新型省份。加强原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新，增强我省自主创新能力，实现重点跨越，支撑和引领经济社会发展，为建设海峡西岸经济区提供强有力的科技保障。
（二）发展目标
1、总体目标
未来15年，我省科技发展总体目标是：进一步实施科教兴省、人才强省和可持续发展战略，基本建成与海峡西岸经济区支撑体系相适应的区域创新体系；到2020年，全社会R&D投入占GDP比重力争超过全国平均水平；科技成果、专利数量及其转化率显著增加；区域创新能力和科技进步水平进入国内先进行列，科技促进经济和社会发展能力显著增强，建成创新型省份。
2、阶段目标
第一阶段目标（2006～2010年）：推进科技资源整合，实现结构调整，建设区域创新体系，基本形成重点突出、结构合理的科技发展布局。到2010年，全社会R&D投入占GDP比重力争达到全国平均水平，区域科技创新能力和科技进步水平进入国内先进行列，奠定建设创新型省份的基础。
第二阶段目标（2011～2020年）：自主创新能力大幅度提升，全社会R&D投入占GDP比重超过全国平均水平，区域创新能力继续保持全国先进行列，实现建设创新型省份的战略目标。
建成具有福建特色的区域创新体系。包括，以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系；自主创新、人才辈出科研与教育相结合的知识创新体系；组织网络化、手段现代化、功能社会化、服务产业化、运作市场化的科技中介服务体系；实现科技资源合理配置、高效协调的政府科技宏观管理体系，并实现各体系间互动集成，为海峡西岸经济区建设提供科技支撑。
产业自主创新能力显著增强。制造业核心技术和工艺装备达到国内领先水平，农业科技整体实力与海洋渔业研发能力达到国内先进水平；电子政务、电子商务、企业信息化等信息服务业水平进入国内先进行列。
高新技术及产业发展水平保持国内先进。在电子信息、新材料、生物技术、新能源、环保和海洋开发等领域技术研发在国内占有一席之地。闽东南高新技术产业带与高新区成为科技创新、企业孵化、人才培养的基地。
支撑环境友好、资源节约社会发展。单位生产总值能源消耗达到国内先进水平；环境污染治理和生态修复关键技术进入国内先进行列；在重点行业和重点城市建立循环经济的技术发展模式。
为构建和谐社会提供科技保障。我省高发疾病早期预测与诊断治疗技术、创新药物研发水平明显提高；建成减灾防灾和突发事件应急处置技术支撑体系。培养造就一批学术与技术领军人才和科技型企业家。公众科学素养进一步提高，科普事业发展进入国内先进行列。
（三）总体部署
