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地方各级畜牧兽医局的主要职责：贯彻执行动物卫生方面的法律法规、方针政策、规划和计划；研究制定本行政区域内重大动物疫病防控计划，指导、监督扑灭疫情；管理本地区动物防疫、检疫工作；负责兽医医政、药政和官方兽医及执业兽医管理工作；负责兽医实验室生物安全管理和动物产品安全监管等工作；履行原畜牧兽医局有关畜牧业管理的其它职责。
上级畜牧兽医局对下级畜牧兽医局负有指导职责。
（二）建立各级畜牧兽医行政执法机构
撤销山西省家畜疫病防治站（山西省动物检疫站、山西省兽医卫生监督检验所），组建“山西省动物卫生监督所”；市、县两级对现兽医卫生监督检验所和动物检疫站整合更名为“动物卫生监督所”。省、市、县三级动物卫生监督所为兽医行政执法机构，归口同级畜牧兽医局管理。38个省界动物防疫监督检查站，隶属县畜牧兽医行政部门管理。
地方各级动物卫生监督所的主要职责：依法实施动物防疫监督、动物及动物产品检疫和兽药执法工作；承担畜牧兽医综合执法职能工作。38个省界动物防疫监督检查站依法实施出入省界边境动物及其产品的监督检疫工作。
上级动物卫生监督所对下级动物卫生监督所负有指导职责。
（三）建立各级畜牧兽医技术支持体系
撤销省、市、县三级家畜疫病防治站，组建省、市、县三级“动物疫病预防控制中心”。各级动物疫病预防控制中心为同级畜牧兽医行政管理和行政执法的技术依托单位，归口同级畜牧兽医局管理。
地方各级动物疫病预防控制中心主要职责：承担动物疫病监测、实验室诊断、流行病学调查研究、预警、预报、疫情处置、疫情定性、疫情报告以及相关方面的技术指导、技术培训、科普宣传和技术研究等工作。
上级动物疫病预防控制中心对下级动物疫病预防控制中心负有指导职责。
（四）加强基层畜牧兽医服务体系建设
根据经营性服务职能和公益性服务职能分开的原则，积极推进乡（镇）畜牧兽医体系改革和建设。由县级畜牧兽医局按乡（镇）或区域设立畜牧兽医中心站（挂“动物卫生监督站”的牌子），承担动物防疫、检疫、品种改良等公益性技术推广服务工作。原则上每县设立乡（镇）畜牧兽医中心站6-8个，每站8-10人。乡（镇）畜牧兽医中心站人员、业务、经费等由县畜牧兽医行政主管部门统一管理。
全省每个建制村聘用1名动物防疫员（兼疫情观察员），也可根据防疫工作需要适当增聘。村级防疫员由县级统一聘用，乡（镇）中心站管理。
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