市中级人民法院：依法及时受理、审查对执法部门申请执行的违法建设处罚案件，并按照执行期限组织拆除。有关执法部门及相关区、镇政府应做好配合工作。
市政府法制办：负责相关法规、文件的草拟及相关政策法规的把关。
市建设局、电业局：对未取得《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》的建设项目，不予发放《施工许可证》。擅自进行施工的，责令停工，限期改正，并依法处罚。供水、供电、供煤气、供温泉和转供单位不得向无《施工许可证》的施工工地供水、电、煤气、温泉等；对私自接水、接电等行为，依照有关法律、法规严厉查处。
市环境保护局：对修建违法建筑造成环境污染以及产生噪音扰民的，应依照有关规定及时制止并依法予以处罚。
市工商行政管理局：发现生产经营者租用违法建筑从事经营活动的，责令其立即停止，并吊销其营业执照。
市消防支队：加强消防安全监管工作，通过与公安部门联合监督检查、实地查看确认等方式，坚决查处利用未经消防审查、验收的建筑物从事生产、经营及其他影响消防安全的行为。
市水利局：查处占用沿河、沿江的岸线、堤坝等违法建设，并配合执法部门查处在水源保护区内违法建设行为。
市房管局：督促检查物业管理公司履行违法建设行为巡查、制止和报告职责的情况。
市房地产交易登记中心：对违法建设行为配合执法部门限制产权登记。
市园林局：配合执法部门查处公园、风景区及城区绿地等区域的违法建设行为。
各部门在查处违法建设时，必须积极主动加强联系和沟通，对超出职责范围的，及时移交相关部门查处，并抄送同级清理整治违法建设领导小组办公室。各级领导小组办公室负责及时协调处理，并将查处情况进行通报。
五、保障措施
1、指挥部人员保障。为加强统一协调，从市国土资源局、城管执法局、规划局等抽调专人作为指挥部办公室专职工作人员，负责日常协调工作。
2、经费保障。对于市、区统一组织的专项执法行动，分别由市、区财政负责，按出勤津贴每人次50元、误餐补贴每人次20元予以核拨。市财政拨给市城管执法局（含市清违办）60万元和市国土资源局40万元作为专项整治经费。各区财政应当安排相应经费用于保障清理整治违法建设工作的顺利开展。
3、装备保障。市国土资源局、城管执法局及晋安区、仓山区政府现有的钩机由市清违办统一调配，同时市财政局拨专款为市执法人员购买防暴钢盔、防刺背心等装备。各区装备保障经费由各区财政解决。
