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1、申请程序
（1）所有具备申请资格的企业的申请直接向省计委提交。申请企业直接将正式书面申请报告及必备材料一式两份报省计委，分别送收发室和经贸流通处。
（2）省计委根据申请企业归属情况，必要时将《农产品加工贸易进口配额申请表》反馈回企业所在市计委或企业上级（省直）主管部门，由市计委或省直主管部门根据国家有关要求，对企业申请内容的真实性、申报材料的完整性等进行初步审核，初审合格的，在企业《农产品加工贸易进口配额申请表》上加盖公章后转交省计委，市计委和省直主管部门的初审意见一并作为对申请企业审核的依据。省计划单列企业集团直接由省计委负责审核。
（3）省计委根据国家有关规定，负责审核企业加工贸易进口配额申请及有关材料，凡是符合国家公布的办法和条件的企业申请即通过与国家计委纵向网农产品进口配额管理系统和书面形式完成申报。
2、申请必备材料
（1）加工贸易企业正式书面申请报告，内容除应注明出口国别、加工贸易类别外，其他内容参照一般贸易项下粮食、植物油等商品。
（2）省级外经贸部门批准发放的《加工贸易业务批准证》（复印件须带《加工贸易业务批准证》原件，经省计委经贸流通处复核后，退回）；
（3）《农产品加工贸易进口配额申请表》。申请表填写的内容须字迹清晰，不得涂改；
（4）经国家工商管理部门登记注册的企业法人营业执照副本复印件；
（5）企业年检合格证明；
（6）上一年度企业财务审计报告（复印件须带原件复核），并附企业资产负债表和损益表；
（7）国家要求的其他材料。
同一企业当年从第二次申请加工贸易进口配额起，只需提交书面申请报告、省级外经贸部门批准发放的《加工贸易业务批准证》（复印件须带原件复核）、《农产品加工贸易进口配额申请表》，并须使用A4纸张打印装订。
3、申请期限和排序
（1）申请期限：从国家计委发放加工贸易农产品进口关税配额和天然橡胶绝对配额始，到全国加工贸易进口关税配额总量和天然橡胶绝对配额总量发放完毕止。
（2）申请先后顺序的确定。加工贸易进口配额申请先后顺序的确定以省计委收发室“山东省发展计划委员会进口配额专用章”上登记时间和序号为准。
4、进口办理程序
（1）符合条件的企业申请按省计委收发室“山东省发展计划委员会进口配额专用章”上登记时间和序号顺序随到随办。
（2）《农产品进口关税配额证（B类）》和《天然橡胶进口配额证（B类）》的发放。国家计委审批、下达农产品加工贸易进口配额通知后，省计委于1个工作日内通知到申请企业。企业经办人员须持单位介绍信、本人身份证原件到省计委经贸流通处办理《农产品进口关税配额证（B类）》和《天然橡胶进口配额证（B类）》。
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