2. 注重工程建设资源与生态补偿。完善工程建设项目环境影响评价制度，建立项目资源与生态补偿机制，减少工程建设的负面影响，确保遭受破坏的资源和生态得到相应补偿和修复。
3. 科学开展水域生态修复工作。结合实际情况，因地制宜制定水域生态整治修复方案。通过科学调度、优化配置水资源和采取必要的工程措施，修复因水域污染、工程建设、河道（航道）整治、采砂等人为活动遭到破坏或退化的江河鱼类产卵场等重要水域生态功能区；通过采取闸口改造、建设过鱼设施和实施灌江纳苗等措施，恢复江湖鱼类生态联系，维护水域生态的完整性；通过控制湖泊开发面积、改进开发方式，避免湖泊荒漠化，保护湖泊生态环境；通过采取湖泊生物控制、放养滤食鱼类、底栖生物移植和植被修复等措施，对富营养化严重的湖泊、河口等水域进行综合治理。
4. 推进科学养殖。加强水产养殖环境监督管理。合理调整养殖布局，科学确定养殖密度，优化养殖生产结构。实施养殖水质监测、环境监控、渔用药物生产审批和投入品使用管理等制度，加强水产苗种监督管理，实施科学投饵、施肥和合理用药，保障水产品质量安全。积极探索生态养殖模式，建立健康养殖和生态养殖示范区，推广健康和生态养殖技术，减少水产养殖造成的水域污染。
四、保障措施
（一）建立健全协调高效的管理机制。各级政府要将水生生物资源养护工作列入议事日程，加强领导，不断完善以渔业行政主管部门为主体，各相关部门和单位共同参与的水生生物资源养护管理体系，确保各项养护措施的落实和行动目标的实现。
（二）建立和完善多元化投入机制。各级财政要加大生物资源养护经费的整合力度，按照存量适度调整、增量重点倾斜的原则，统筹使用。同时，要积极改革和探索在市场经济条件下的政府投入、银行贷款、企业投资、个人捐助、国外投资、国际援助等多元化投入机制，为水生生物资源养护提供资金保障。按照“谁开发谁保护、谁受益谁补偿、谁损害谁修复”的原则，建立健全水生生物资源有偿使用制度，完善资源与生态补偿机制。
（三）加强法制和执法队伍建设。不断完善水生生物资源养护配套法规体系，建立健全管理制度。加强渔业行政执法队伍和执法装备建设，强化执法人员业务培训，增强执法能力，规范执法行为，保障执法管理经费，实行“收支两条线”管理，努力建设一支高效、廉洁的水生生物资源养护管理执法队伍。
