安全监管处负责制订《北京市药品生产专项检查实施方案》，并组织实施，协调、督察和总结。药品认证管理中心和各分局按照统一部署负责辖区药品生产企业的专项检查、跟踪检查和飞行检查，并按规定上报检查情况。
检查的对象：生产注射剂等高风险药品的企业、近期被举报的企业、药品质量抽查中出现不合格产品的企业、发生严重药品不良反应和不良反应发生率较高的企业、检查中出现较大问题的企业、改制重组以及人员变动较大的企业、尚未限期通过GMP认证的企业（药用辅料等）以及近2年内没有进行过跟踪检查的企业。
检查的重点和内容：
（1）历次药品GMP认证检查和跟踪检查中提出缺陷项目的整改情况；曾经违反《
药品管理法》及相关法律法规行为的处理意见和整改情况。
（2）关键岗位人员：人员变动情况，企业负责人、质量保证部门和质量控制部门负责人及工作人员、药品生产及物料管理负责人专业、学历、资历、培训情况及其履行职责的实际能力。
（3）质量保证部门：按规定独立履行对物料抽样及不合格物料不准投产、不合格产品不准放行及对不合格物料处理等职责；具有对物料供应商质量保证体系审计、评估及决策等质量否决权。
（4）质量控制部门：按规定独立履行各项职责。包括：按规定制定每种物料、中间产品检验采用的标准及方法；按规定实行检验和留样，对放行出厂的产品必须按照药品标准项下的规定实行全检，除动物实验暂可委托检验外，其余成品各检验项目不得委托检验；对进厂生产用原辅料、包装材料的检验，需用频次较少的大型检验仪器、设备（如核磁、红外等）时，可委托有检验资质的单位承担，并将有关委托情况（包括变更受托方）上报备案；按实验及委托检验数据如实出具检验报告。
（5）物料供应商：选择供应商原则、审计内容、认可标准、审计人员的组成及资格、实地考核确定原则、考核周期及执行情况；批准及变更供应商的审批程序及执行情况；按规定与物料供应商签订合同；供应商资质证明资料具有供应商印章；各物料供应商档案齐全、完整。
（6）物料管理：原辅料、直接接触药品包装材料的采购、验收、抽样、检验、发放使用的标准、程序及其执行情况，确保不合格物料及产品不放行。
（7）生产管理：所有药品均严格按照法定标准、生产工艺组织生产；委托生产或受托生产经药品监督管理部门的批准情况，以及对委托或受托生产进行的质量监控情况。
