此次专项整治行动时间为2006年7月至12月底。共分为四个阶段：
（一）准备动员阶段（7月15日前）
制定专项行动实施方案，按职责分工全面部署工作，层层推进，充分调动各级各部门的工作积极性。
（二）自查自纠阶段（7月15日-7月30日）
各单位根据本方案的分工和要求对重点污染企业和存在的环境问题进行深入的检查，针对存在的环境隐患进行自查自纠，提出整治措施，逐步加以解决。各单位应在7月20日前将阶段性工作开展情况报市环保局汇总，由市环保局在7月30日前上报省专项行动领导小组。
（三）全面整治阶段（8月1日-8月30日）
对清查出的重点环境隐患问题进行集中整治，公开查处一批典型案件，要求重点环境风险源制订环境污染事故应急预案，建立规范、完善的污染应急管理体系。各有关单位在8月20日前将典型环境违法案件的查处情况报市环保局，并做好广东省专项行动检查组到深圳检查的迎检工作。
（四）总结提高阶段（9月1日-12月30日）
对专项行动中发现的问题及时进行整改，通过建立环境保护全覆盖责任体系、先进的监测预警体系和强有力的应急处置体系，建立保障环境安全的长效管理措施。各单位应在11月20日前将此次专项行动的工作总结报市环保局汇总，由市环保局在11月30日前上报省专项行动领导小组。
七、有关要求
（一）切实加强组织领导。各区人民政府要切实加强对环保专项整治行动的组织领导，制定相应的工作方案，建立联席会议制度，定期召开联席会议，通报各部门专项整治情况及研究下一阶段的工作重点，确保专项整治工作取得实效。
（二）切实加强部门联动，合力打击环境违法行为。要加强部门间环境违法案件的协同处理，凡涉及其他部门处理权限的案件，要在查清违法情节后分期分批协商有关部门提出处理意见，有关部门要予以积极配合。
（三）抓好四个结合。一是部门自查与部门联动相结合。二是普查与重点检查相结合。三是日常检查与专项行动相结合。四是督查检查与整改相结合。
（四）建立整治行动报告制度。行动期间，各有关单位要指定专人负责整治行动的信息上报工作。定期向市环保局报送工作进展情况及重点环境污染问题和环境隐患的整改情况。
（五）建立环境执法信息和污染源信息披露制度。市环保部门要利用电视、报纸、广播、互联网等各种传播媒体，对典型环境违法案件进行新闻舆论监督，各部门要进一步发动群众，加强环境保护宣传，提高全民的环保意识，创造全社会共同参与污染防治、共同监督环境保护的良好风尚。各级环保部门要设立热线投诉电话，并向社会公布，以利于社会监督和公众检举各类环境违法行为。对严重环境违法行为的典型，除依法严肃处理外，要通过电视台、电台、报纸等新闻媒介向全社会曝光，维护和提高法律的威慑力和震撼力。
