1.监督机构。试点县（市、区）可根据本地实际，成立由政府相关部门和参加新型农村合作医疗的农民代表共同组成的新型农村合作医疗监督委员会，负责定期检查、监督基金使用和管理情况。
2.监督措施。设区市新型农村合作医疗工作领导小组，每年应对试点县（市、区）新型农村合作医疗工作进行监督检查，重点检查资金到位、使用情况。试点县（市、区）新型农村合作医疗经办机构要定期向新型农村合作医疗管理委员会和设区市领导小组汇报新型农村合作医疗基金的收支（包括各级财政专项基金到位情况）、使用情况；新型农村合作医疗管理委员会要定期向监督委员会和同级人民代表大会汇报工作，主动接受监督。省级不定期抽查和通报各试点县（市、区）新型农村合作医疗工作情况。
要采取张榜公布、媒体发布等方式，定期向社会公开新型农村合作医疗基金（包括财政补助基金）的具体收支、使用情况，保证参加新型农村合作医疗农民享有参与、知情和监督的权利。各乡镇、各行政村要把新型农村合作医疗资金收缴、支付情况作为乡镇政务、村务公开的重要内容，至少每季度张榜公布一次，接受村民监督。设立投诉电话，对于投诉事项，有关机构要及时给予答复。审计部门定期对新型农村合作医疗基金收支管理和使用情况进行专项审计，并公开审计结果，发现问题，及时督促纠正。
各试点县（市、区）要定期组织检查和评估。检查的主要内容包括农民参合率是否保持基本稳定、农民缴费管理是否规范、各级财政补助是否按规定到位、基金管理和运行是否规范、基金使用是否合理、经办机构是否健全、医疗服务费用是否有效控制、农民医疗负担是否有所减轻等。对检查中发现的问题，要及时组织整改，重点加强制度和机制建设。
3.建立责任追究制度。设区市和各试点县（市、区）人民政府应建立新型农村合作医疗责任追究制度，对资金不落实、到位不及时，挪用、挤占、拖欠、扣压新型农村合作医疗经费和其他徇私舞弊的行为，以及经办机构人员不到位、措施不力、管理混乱等问题，要在一定范围内进行通报，并追究有关领导和当事人的责任。对贪污新型农村合作医疗经费等构成犯罪行为的，由司法机关依法追究其刑事责任。
省新型农村合作医疗工作领导小组对于不执行国家相关规定的试点县（市、区）有关责任人进行通报，并责成设区市人民政府追究其行政责任。
五、认真做好新型农村合作医疗制度与农村医疗救助等制度的衔接工作
