农业主管部门是农业专项资金的项目主管部门，负责项目计划的编报、可行性论证、技术方案的审核和项目实施、管理、监督、验收。
第二章 农业专项资金的设立
第八条 州财政局根据国家有关农业和农村经济发展的方针政策，结合州委、州人民政府确立的“三农”工作总体思路和年度工作计划设立农业专项资金项目。
第九条 州级农业主管部门根据设立的农业专项资金项目和州委、州人民政府确立的年度工作目标向州财政局提出项目支出预算。
州财政局根据州级年度财政预算，按照统筹兼顾，重点突出的原则对各农业主管部门报送的项目支出预算进行综合平衡，编制支农资金预算草案并报经州人民政府批准后由州财政局会同州级农业主管部门组织实施。
第三章 农业专项资金的申报与分配
第十条 州财政局负责农业专项资金的分配管理。
第十一条 州财政局和州级农业主管部门根据支农资金预算，提出分配意见报州人民政府批准后，同资金的使用用途、补助标准、补助环节及其他要求以项目指南等形式一并下达。
第十二条 各县根据项目指南，结合自身实际申报项目。申请专项资金的项目单位应按规定提供合格的项目标准文本及必要的附件，联合报送州财政局和相应的州级农业主管部门。
州级农业主管部门组织实施的项目直接向州财政局提出申请，州财政局提出意见报州人民政府批准后，由州级农业主管部门组织实施。
第十三条 农业专项资金的申报部门，是指申报项目所在地的县级财政部门或农业主管部门。申报部门应按照财政管理体制或财务关系，以正式文件逐级申报项目，不得越级申报。按照分级负责的原则，县级财政部门或农业主管部门根据各自职责应对上报项目的真实性和文件的合规性负责。
第十四条 农业专项资金的项目申请单位，即项目单位。项目申请单位应符合规定的资格或条件，并向项目申报部门提供本单位的组织形式、资产和财务状况，对农民收入、农业农村发展的贡献，以前实施农业项目的绩效等有关情况。
