代理人和被代理人要共同设立代理制项目的资金专用帐户；对项目建设资金（包括市级财政资金和其他来源资金）实行专户存储、专帐管理，并严格执行国家和重庆市的相关财务管理制度，接受市财政局的监督。工程款的支付，须严格实行监理、代理人、被代理人三方审查签字制度，确保资金安全。
六、严格设计管理
代理人要严格按照批准的项目初步设计概算，对施工图设计严格审查，确保施工图预算不超初步设计概算。在工程建设中的优化设计，要以完善功能、提高质量、减少投资三位一体为目的。重大设计变更或超投资概算的设计变更，必须按程序报批后，才能实施。
七、健全奖惩制度
实行建设管理代理制项目的目标是实现投资、质量、工期三控制。对圆满实现上述目标，并节约工程投资的项目，可对代理人给予适当奖励。一是优先推荐参与以后代理项目的投标，并在评标时给予适当的加分；二是给予建设管理代理费奖励，奖励经费经市发展改革委和市财政局确认后，从项目总预备费中列支。奖励金额按项目节省金额分段累进计取，具体比例为：节余金额100万元以下的为10%，100万元至500万元的为8%，500万元至1000万元的为6%，1000万元以上的为4%。
发生投资超概、质量不合格或工期延误的项目，其代理人要按照合同承担相应的经济责任，扣减代理人的代理费。扣减的代理费金额对应节省投资的奖励金额，可在建设管理代理合同中约定。扣减金额超出代理费时，在代理机构提交的履约担保金中扣减。同时，其违约事实记入不良记录档案，限制其在以后代理项目的投标。情节严重的，取消建设管理代理资格。
八、加强监督管理
实行建设管理代理制的项目，代理人每月要向市发展改革委、市财政局、市建委和相关主管部门报送《代理项目进度月报》，监理单位每月向市发展改革委、市财政局、市建委和相关主管部门报送《代理项目监理月报》。代理项目完工移交后，代理人要写出代理工作总结报告，报上述部门。
对市级政府投资项目建设管理代理机构，按照扶优扶强、总量控制、动态管理的原则，建立进出机制。市建委会同市发展改革委、市财政局每年对代理机构的资格进行审查，对不履行建设管理代理合同的，对项目建设管理不善、造成项目严重超支、工程损失的，对建设管理代理工作中发生违法违规行为的，对连续两年未取得建设管理代理业绩的，对未通过年度审查的，取消其代理资格。
