省人民政府成立以省长为组长、分管副省长为副组长的领导组，成员为省人民政府办公厅、省委组织部、省发展改革委、省经委、省科技厅、省公安厅、省监委、省财政厅、省人事厅、省国土资源厅、省建设厅、省交通厅、省水利厅、省农业厅、省林业厅、省国资委、省工商局、省环保局、省物价局、省煤炭工业局、省电力公司以及11个重点城市市人民政府主要负责人。领导组下设办公室，主任由省人民政府一位副秘书长担任，副主任由省环保局局长担任，办公室成员由领导组成员单位的分管领导组成，办公室设在省环保局。
领导组办公室的主要职责是组织、指导、推进全省开展“蓝天碧水工程”，调度通报进展情况，筹备各种会议，协调部门完成各项工作任务，督促检查各地工程落实情况，实施对各市县的考核验收。
各有关部门要各司其职，抓好“蓝天碧水工程”相关工作，环保部门是“蓝天碧水工程”的牵头单位，在政府的领导下制定实施方案，提出分年度工作任务、指标、措施和考核办法。牵头组织生态经济功能区划，组织开展工业污染防治和区域环境综合整治，监督污染源单位完成污染治理任务，建立高效监督机制，推广先进科技成果，支持发展环保产业，实施环境容量总量控制，对当地污染严重的企业和设施实施末位淘汰。
发展改革委要从结构调整、结合建设“双新”基地，引导和促进新型工业化的推进。财政部门要建立省、市、县三级财政保障机制，多渠道筹资，集中财力，支持“蓝天碧水工程”重点项目，保证环保执法经费。建设行政主管部门要抓好重点城镇基础设施建设，推进各市、县城镇集中供热、集中供气、污水处理、垃圾无害化处理及城镇生态建设、建筑施工扬尘污染控制。各级经委和国资委要根据国家产业政策，负责对列入国家淘汰名录的落后生产能力、工艺、产品实施淘汰，组织所辖企业积极开展工业污染治理，将环境保护纳入国有企业负责人考核的重要内容。水利部门要加强重点城市、重点区域的水土保持、饮水安全建设。林业部门要加强退耕还林、生态恢复和建设。农业部门要积极推进生态农业建设，减少农村面源污染，加强规模化畜禽养殖业管理。交通部门要加强大运路服务区、收费站的环保设施和生态建设。科技部门要大力推广污染防治先进技术。工商、电力等部门要对实施淘汰和关停取缔企业或设施及时采取吊证、断电措施。公安部门要配合有关部门做好执法现场的安全保卫工作。纪检、监察部门要加强监察，对渎职、失职、玩忽职守或工作不力造成任务完不成的责任人根据有关规定严肃查处。
“蓝天碧水工程”范围内的县（市）人民政府也要成立相应的领导组和办公室，在省领导组和办公室及当地政府的领导下，负责本区域“蓝天碧水工程”的组织实施。
（四）运用市场原则推动环保工作
地方各级人民政府要深化环保投资体制和机制改革，拓宽环保投融资渠道，鼓励企业增加环保投入，积极引导外资和社会资金参加环保建设，形成多元化的环保投入格局。建立政府创造条件，市场化运作的环保项目投资、运营机制。
按照“谁开发谁保护、谁破坏谁恢复、谁受益谁补偿”的原则，完善生态补偿政策，建立生态补偿机制。按照“谁排污谁付费”、“谁治理谁受益”的市场化原则，推进城市垃圾处理、污水处理、集中供热、供气等环保基础设施和工业企业的环保设施社会化、产业化、市场化、专业化运营，鼓励外资、民资投资环境保护。市、县人民政府要采用公开招标方式，落实城市垃圾和污水处理、集中供热、供气特许经营权，并全面实施城镇污水处理、生活垃圾处理等收费政策，污水处理收费要与自来水收费同步。对已建成或在建的上述设施也可采取公开招标拍卖的方式，实施特许经营。2006年8月底前，11个重点城市必须按省里已有规定出台收费标准，开征城市生活垃圾处理费，其它城镇也要尽快开征；尚未开征城市污水处理费的城市均要按照省政府的有关规定尽快开征，已开征的城市，要按照《
山西省人民政府关于调整城市污水处理费标准等有关问题的通知》（晋政发〔2004〕49号）的有关规定，于2006年8月底前调整到位。征收的生活垃圾处理费和城市污水集中处理费要专款专用于生活垃圾无害化处理和城市污水处理设施建设投资和运营费用，不得挤占、挪用。对不能足额征收生活污水、垃圾处理费用，或挤占、挪用，影响处理设施建设和运营的，追究政府主要负责人及相关责任人的责任。
