省京津风沙源治理工程领导组办公室（以下简称“省治沙办”）具体负责工程项目实施的组织和日常管理工作。负责组织编制汇总工程规划、年度计划和科技支撑项目的技术审核；负责工程技术培训和工程实施的检查督促；负责年度省级复查（验收）和信息管理；负责工程统计和年度计划执行情况汇报。
省发展改革委为工程的统筹协调单位。主要负责工程计划、规划的审查与平衡；会同有关部门联合上报工程投资计划和规划，并根据国家批准的计划和规划，下达全省年度工程投资计划；负责审批年度工程实施方案；负责林木种苗基地建设等基本建设项目的立项审批和计划下达；负责筹措安排省级配套资金和工程管理费用；负责对计划执行情况的监督检查；负责组织工程竣工验收工作；负责国家发展改革委和省政府安排的其他有关工作。
省林业厅、省农业厅、省水利厅分别为工程所涉及林业项目、生态移民项目、农业项目、水利项目的牵头组织实施部门。具体负责本行业工程的规划编制和年度建议计划安排；对本行业工程实施管理，包括对工程实施的督促、检查、监测和年度省级复查（验收）工作；对作业设计审批和工程技术培训指导服务等工作。
省财政厅根据计划安排，负责对工程建设资金、退耕还林补助资金和省级粮食调运费的筹措、拨付和管理。省粮食局负责退耕还林粮食的调运和调剂，组织基层兑现粮食补助。省农发行负责退耕还林粮食补助资金的结算工作。省国土资源厅负责退耕土地变更手续的登记。省审计厅负责对工程资金的依法审计。省监委负责对工程建设中重大案件的查处工作。
退耕还林粮食补助改为现金支付后，资金筹措、拨付、管理等执行山西省财政厅等五部门《关于退耕还林粮食补助改补现金有关财政财务处理问题的通知》（晋财建〔2004〕241号）的规定。
第五条 建立全省京津风沙源治理工程联席会议制度。省京津风沙源治理工程领导组根据工作需要召开联席会议，负责搞好各部门之间的协调工作，召开工程建设听证会，研究解决工程建设中的重大问题。
第六条 工程实行目标责任制。项目区市长、县（区）长、林局局长为第一责任人，对本行政区内的工程负总责。县（区）政府与市政府、市政府与省政府、林局和主管厅局要分别签订工程治理责任状。各级政府和单位要建立健全工程领导机构和管理机构。项目区市、县（区）两级政府必须明确一名副职对工程具体负责，层层建立领导责任人制度。市、县（区）各相关部门的职责由市、县（区）人民政府比照省级各部门分工做出决定，各司其职，各负其责。县（区）为基本实施单位，严格实行工程任务、资金、管理和责任四到县，县（区）政府要负责工程的具体组织实施，并负责交账。林局依照县（区）的管理，由局长负责交帐。
第七条 退耕还林工程总体按照“户承包、村申报、乡组织、县管理”的运行机制进行组织管理。充分应用好“个体承包”的政策，要落实到户。退耕农户钱粮补助兑现工作，由财政部门和粮食部门、农发行依据国家和省有关退耕还林的政策、法规要求，根据林业部门提供的检查验收结果负责协调，发放到户。
