建立科学的运行管理机制。为管好用好农村饮水工程，有关市、县(市、区)水利部门要加强工程运营管理，建立健全管理机构和管护制度，明晰工程产权，落实管理责任，合理核定水价，实行按方计量，全成本收费。同时，加强水源保护、水质监测和供水安全管理，保证工程良性运行，长期发挥效益。
七、组织领导
省政府建立由省水利、发展改革、财政、卫生、环保、建设等部门参加的农村饮水安全工作联席办公会议制度，讨论解决工程建设中的重大问题，分工合作，共同组织开展农村饮水安全工程建设工作。
各有关部门分工负责。各级水行政主管部门是农村饮水安全工程行业主管部门，负责本行政区农村饮水安全工程的规划、建设、管理和监督；各级发展改革委与水利部门共同做好农村饮水安全规划编制和报批、项目审批、计划下达以及建设与管理的监管工作；财政部门负责筹措省级配套资金，抓好市、县(市、区)配套资金落实，对资金使用情况进行监督检查；卫生部门负责提出急需解决的地氟病、地砷病等病区需改水的范围和项目建成后的水质检测、监测，为水利等有关部门安排改水工程计划提供必要的依据；环保部门负责治理河道污染、控制面源污染，加强对农村饮水安全工程水源地的保护，防止造成新的污染；建设部门负责提出结合农村小城镇建设、村镇规划解决农村饮水安全问题。
各级政府要把农村饮水安全工作纳入国民经济和社会发展规划，作为为民办实事的重要内容来抓，制定出台优惠政策和保障措施，保证工程建设用地，并在用电、办证、税收、水质监测等方面给以优惠或减免。要层层建立健全行政首长负责制。政府主要负责人是第一责任人，分管领导是分管责任人，水利部门负责同志是具体责任人。要成立专门工作班子，明确责任分工，加强组织领导和综合协调，落实地方配套资金，确保饮水安全工程建设顺利进行。对每一处饮水工程，层层建立领导干部负责制，实行市领导包县，县领导包乡，乡镇干部包村，村干部包工程，分包领导对工程进度、工程质量和资金使用安全负总责。
市、县(市、区)水行政主管部门根据省审批的实施方案，编制工程设计，招标选择施工队伍，加强施工监理，统一采购工程建设所需料物，定期向省水行政主管部门报送工程进度和资金到位及完成情况等。
建立督察工作机制。进一步加大督导力度，建立信息快报制度。每10天向省水利厅报送一次进度信息。省政府组织由省水利厅、发展改革委、财政厅、卫生厅、建设厅、环保局等部门的厅级干部带队的农村饮水安全工程督导组，分包有关市、县(市、区)，对工程建设实行督导，保证工程建设顺利实施。同时，水利部门要抽调工程技术人员，成立技术督导组，分片包干，进驻到现场进行技术指导。各地要将每处工程的施工单位、行政负责人、技术负责人、工程投入、质量要求等内容，建立台账，挂牌公示，接受群众监督。
