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化学药物及化学原料--重点突破手性药物、维生素及化学生物技术；研究缓释、靶向、透皮吸收等制剂新技术，加强对老产品的改造，提高产品技术含量。
海洋药物--在国内率先建设规模化海洋药物生产基地，建立通用的海洋药用天然活性物质规模化分离平台、海洋生物基因工程发酵平台和高附加值的深海生物基因资源库。加快海洋三所“河豚毒素”的产业化，进一步加快河豚毒素原料的应用。
诊断试剂、疫苗--厦门在诊断试剂、疫苗产业集聚效应较明显，迈克制药、英科新创已经具备一定的技术研发和生产能力。重点发展基于生物技术的爱滋病毒、肝炎病毒检测试剂，荧光PCR试剂及设备。基因工程疫苗与传统疫苗相比具有突出的优越性，是疫苗发展的主要方向。我市在新型疫苗重大科研成果的集成化、工程化、产业化研发方面具有较雄厚的实力，拥有一批亟待转化的科研成果。近期发展的重点是戊肝基因工程疫苗、乙肝治疗性疫苗等新型疫苗及关联产品。并在重点领域广泛应用纳米技术，力争将厦门发展成为我国重要的诊断试剂、疫苗生产基地，发展成为我国最大的临床、血液诊断试剂生产、研发中心。
3、加快发展软件产业
软件产业是一个知识密集型的产业，厦门在软件开发、互联网服务业、IC 研发设计等方面具有相对优势。要进一步扶持以厦华、夏新等为代表的龙头企业，进一步推进软件产业的发展壮大，加快软件园二期工程建设。以软件园为核心载体，吸引和扶持以大型应用软件工程、行业应用软件、系统集成软件、中间件、嵌入式软件、中文LINUX、网络通信等软件产品的研发，吸引以这些产业方向的软件企业来厦创业；推进动漫游产业的发展；培育骨干企业和名牌软件产品，扶持中小软件企业的发展，引导有实力的软件企业积极申请CMM/CMMI认证；大力发展软件外包业务，加强合作研发，推动软件出口，加快软件出口基地建设；加大对台IT合作和招商引资力度，承接台湾的技术创新和管理创新；结合与利用厦门高校资源，促进成果转化，使厦门软件园成为国内重要的软件研发、生产、出口以及海峡两岸软件产业交流合作的园区。
大力发展网络增值服务。主要在特定领域通过加工、处理、传送信息，使之增值的网络业务，我市在公安指挥、教育、社会保障方面有一定的基础。近期发展的重点是在线游戏、多媒体教学企业邮局、搜索引擎；SP、彩信、即时消息、语音服务；提供基于ASP的各种在线数据处理与交易处理业务。集成电路设计在我市具有一定基础。今后发展的重点是数字音视频系统设备的控制芯片、通信控制芯片、数字小家电控制芯片等。
积极发展电子商务与电子政务。以“数字福建”为依托，结合“数字厦门”建设，加快建设电子商务、电子政务基础设施，加大科技经费投入强度，构筑海峡西岸主要电子商务中心城市。借助厦门物流信息平台拓展为全省电子口岸平台的良好机遇，发展电子商务，降低物流成本，提高企业的国际竞争力。
（三）改造提升传统产业
轻工业是我市的传统产业，具有了相当规模的发展基础，在我市工业经济中占有较大的比重，做好传统产业的产品结构调整是工业经济结构调整的一项重要内容。“十一五”期间，传统产业要用高新技术和先进适用技术进行改造、提升，通过技术创新和管理创新，实现产业结构调整、转变增长方式。轻工业只有通过结构调整，向集约化、科技化和现代化转变，构筑更大平台，扩充生存空间，最大限度地提高资源利用率，才能增强发展后劲，加快经济发展速度。
1、发展壮大食品加工产业
食品加工业要以银鹭集团、惠尔康食品、古龙集团、绿泉实业、银祥集团、中盛粮油、如意食品等企业为龙头，以轻工食品工业区建设为载体，以生产营养、保健、优质、回归自然的食品为发展方向，加快发展壮大。
加快古龙、银祥、银鹭、惠尔康、绿泉等企业的扩产和改造。重点发展肉类、茶饮料系列产品、乳制品和乳酸饮品，水产品和果蔬产品加工、无公害产品、农产品深加工，应用高新技术，形成原材料采购、生产加工、产品销售一条龙体系，提高产品的技术质量水平。抓住“古龙”牌肉类罐头成为“中国名牌产品”，银鹭、惠尔康获得“中国驰名商标”、“中国名牌产品”的机遇，充分发挥品牌优势，提高在国内市场的占有率，进一步扩大产品出口，使之成为国内同行业中的一流企业。
2、培育服装、棉纺织、印染行业的自主品牌
发挥厦门的地域优势，建立以服装的研发、设计、品牌、营销和展览展示为龙头，建立研发基地，创新设计系统，使厦门成为服装时尚发布中心、贸易中心，将厦门建成“时装之都”。同时，服装行业要努力培育自己的名牌，在全国形成知名品牌。大力拓展国内、国际市场，使自创品牌的产品和国内外外来品牌的来料加工产品生产协同发展，最终壮大自有品牌。
以服装行业为纽带，带动棉纺织、印染的发展，提高棉纺技术装备水平，提高精梳纱、高支纱和针织专用纱的比重，为针织工业发展高档针织面料提供优质服务。在提高特种整理、功能化整理加工技术的基础上，降低能源消耗，提高资源的有效利用，减少环境污染，提高产品质量和档次。
3、壮大包装印刷产业的整体实力
包装行业是具有配套性质的都市型产业，随着厦门经济的快速、稳定发展，包装工业的地位和作用日益凸显。要积极鼓励发展新型环保包装材料，鼓励发展包装减量化、节能化和包装废弃物处理和再利用类项目。
鼓励和支持包装行业积极开发新产品和利用新技术，开发生产各种具有数字、环保等特点的高技术、高附加值的产品，支持榕兴纸业的“粉煤灰超细纤维配抄特种纸产业化项目”。重点发展包装新材料、尽量减少木材等自然资源的浪费。加强对包装废弃物的回收利用，加快与国际行业标准接轨的进程。根据行业特点进行专业分工，使包装、印刷行业成为省内同行业的排头兵，在全国各大、中城市中位居前列。
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