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若纳税申报窗口工作量较大，则可将防伪税控企业申请认证的发票传递给后台的征期认证人员。后台征期认证人员通过认证子系统对企业报送的发票进行认证。认证相符的，存入认证子系统。对认证不符和密文有误的，按规定处理。同时打印《认证结果通知书》及清单交回前台纳税申报窗口人员交给防伪税控企业。征期内，若纳税申报窗口工作量不大，可由纳税申报窗口人员利用认证系统处理纳税人申请的认证事宜。
（2）防伪税控企业征期后申请认证的。
纳税申报窗口人员通过认证子系统对企业报送的发票进行认证。认证相符的，存入认证子系统。对认证不符和密文有误的，按规定处理。同时打印《认证结果通知书》及清单。
4．纳税申报窗口人员处理纳税人的申报事宜。
纳税申报窗口人员在处理纳税申报时，除按照规定进行纳税申报表的逻辑审核外，还增加“票表比对”的审核。
（1）票表比对规则：
①销项：
申报的防伪税控系统开具的销项发票总金额＝报税系统“正常发票金额”；
申报的防伪税控系统开具的销项发票总税额＝报税系统“正常发票税额”。
②进项：
申报的防伪税控系统开具的进项发票总金额≤认证系统“认证相符发票金额”；
申报的防伪税控系统开具的进项发票总税额≤认证系统“认证相符发票税额”；
比对结果（相符或不符）必须记录，并可以查询打印。
（2）票表比对的具体工作程序：
①在CTAIS一般纳税人申报表的界面中录入纳税人识别号和所属时期；
②CTAIS自动读取防伪税控系统传递过来的纳税人本月属期的抄报税和认证数据；
③在CTAIS中录入纳税申报表主表及附表。属网上申报的，通过CTAIS接收纳税申报表主表及附表数据；
④CTAIS根据录入（或接收）的纳税申报表及附表数据，自动按票表比对原则进行票表逻辑关系的比对，并提示比对结果。
5．对比对不符的，交由“比对异常处理”窗口处理。
6．对比对相符的，将企业申报的纳税有关数据资料录入计算机。在计算销项、进项税额基础上，计算实际应纳税额。
7．给企业出具增值税缴款书。
8．“比对异常处理”窗口处理受理票表比对结果异常企业的纳税申报资料，进行审核，并区别情况分别处理。属技术原因或其他原因造成的，但纳税人申报表资料确属真实的，按以上第6至第7项处理。属纳税人申报表填报错误的，退回企业重报；属涉嫌偷税的，移交稽查部门查处。
（二）非防伪税控企业“一窗式”管理流程
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