新型农村合作医疗采取以区为单位统筹管理。各区政府要迅速成立新型农村合作医疗协调管理机构，由政府牵头，有卫生、发改委、物价、财政、民政、审计、人事、编办、农办、教育、扶贫办、广电、人口计生、残联等有关部门参加，负责有关组织、协调、管理和指导督查工作。在区卫生行政部门设立合作医疗经办机构，负责具体业务工作，同时履行管委会办公室的职能。经办机构的人员由区政府调剂解决。乡（镇）、街道政府要成立新型农村合作医疗工作机构，其人员可以兼职，承担区新型农村合作医疗协调管理机构委托的有关工作，负责宣传、发动、组织辖区内农户参加合作医疗，按照政策规定代收农民个人缴费和收取各种机构组织赞助、捐赠的资金，协调处理本乡（镇）、街道合作医疗的其他事宜。新型农村合作医疗经办机构的人员和工作经费由区政府列入财政预算，决不允许从合作医疗基金中提取。
四、合理确定筹资标准，坚持多方筹资
新型农村合作医疗要严格实行农民个人缴费、集体扶持和政府支持相结合的筹资机制。各区农民每人每年缴费标准不低于10元，经济发达地区可在农民自愿的基础上，根据农民收入水平及实际需要相应提高缴费标准，具体标准由区政府确定。农民个人缴纳的合作医疗资金，在农民加入时，按各区统一规定时限一次性缴清当年费用，以后每年由农户按期足额续交。有条件的乡村集体经济组织应对本地新型农村合作医疗制度给予适当扶持，具体办法由各区政府确定，但集体出资部分不得向农民摊派。政府对参加新型农村合作医疗农民的资助总额不低于每年每人40元，市财政除给予开福区的参合农民每人每年10元的配套资助以外，其余资金均由各区财政全部承担。
五、健全运行机制，加强监督审计，确保基金安全
农村合作医疗基金统一由区新型农村合作医疗协调管理机构及经办机构，按照公开、公平、公正和专款专用、专户储存、以收定支、收支平衡的原则进行管理，严禁挤占和挪用。各区新型农村合作医疗经办机构要在管委会认定的国有商业银行设立基金专用账户，确保基金的安全和完整，并建立健全基金管理规章制度，认真管理和及时审核、支付农村合作医疗基金。农民个人缴费及各种赞助、捐赠扶持资金，原则上按年由乡（镇）、街道合作医疗工作机构代收代缴，及时存入新型农村合作医疗基金专用账户；市、区财政的支持资金根据当年参加新型农村合作医疗的实际人数，划拨到农村合作医疗基金专用账户。市、区财政要确保补助资金及时、全额拨付到农村合作医疗基金账户，尽可能简化程序，易于操作。要根据合作医疗基金的筹资总额与补助办法，科学测算、确定基金的支付范围、标准和额度，规范支付补助的审核程序，防止农村合作医疗基金超支或过多节余。建立健全新型农村合作医疗的就诊、转诊、责任仲裁、补助审批、基金管理、监督审计等规章制度，完善合作医疗的运行机制。对参加新型农村合作医疗的农户由合作医疗经办机构发给合作医疗证，由农户保管，对农民缴纳合作医疗资金及费用补助等逐项进行登记。
