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市移民局负责三峡库区生态移民及移民搬迁的生态环境保护工作。
市林业局负责退耕还林、天然林保护、湿地保护、库区绿化带等生态林建设以及森林生态系统和野生动植物类型自然保护区管理和林业生物物种资源的保护与管理。
市园林局负责山水园林城市建设、城市绿化建设管理、风景名胜区建设管理、城市规划区湿地规划与保护，以及本行业生物物种资源的保护与管理。
市旅游局牵头负责旅游资源开发利用中的生态环境保护工作。
市气象局负责气象及其次生灾害监测、预警预报，气候资源区划、评估和管理，以及气候变化预估、评估工作。
市文化广电局负责组织“绿地行动”的宣传报道，以及公众信息平台的建设。
重庆海关负责生物物种资源出入境管理。
重庆检验检疫局负责生物物种资源出入境的检验检疫管理。
市工商局负责生物物种资源保护的市场管理。
市卫生局负责农村公共卫生基础设施和卫生服务网络建设，以及开展农村健康教育活动。
市统计局负责牵头开展绿色GDP试点。
2．制度保障
一是建立工作目标责任制。将“绿地行动”各项目标任务分解下达到市政府有关部门及各区县（自治县、市）人民政府，并将任务的完成情况纳入党政一把手环保实绩考核和政府目标考核。对实施“绿地行动”成绩显著的单位和个人，由市政府给予表彰和奖励。对工作不力或没有完成目标任务的责任单位和个人启动问责制。
二是建立工作调度会议制度。不定期召开工作会议，检查各项目标任务进展情况，及时协调解决实施过程中的有关问题，研究和部署“绿地行动”各项工作。
三是建立督查督办制度。市监察局、市政府督查室和市环保局组成联合督查组，定期督查“绿地行动”项目进展情况，对检查中发现的问题进行督办。督促各区县（自治县、市）人民政府、市政府有关部门完成目标任务。
四是建立信息通报制度。各区县（自治县、市）人民政府、市级有关部门每月向“绿地行动”领导小组办公室报送项目进展情况，每年年底报送工作总结和下年工作计划。“绿地行动”领导小组办公室定期编发“绿地行动”工作简报，送有关市领导、“绿地行动”领导小组成员单位、各区县（自治县、市）人民政府、有关单位。
五是建立完善公众参与和舆论监督制度。“绿地行动”推进工作小组办公室定期向社会公布“绿地行动”项目进展情况，聘请人大代表、政协委员、专家和市民作为“绿地行动”特约监督员，参与有关“绿地行动”的督促检查工作。市主要新闻媒体要加大“绿地行动”宣传报道力度，及时报道生态环境状况以及“绿地行动”实施进展情况，追踪报道生态环境难点、热点问题。
六是建立科学决策咨询制度。成立重庆市“绿地行动”专家咨询委员会，由国家和市有关专家组成，咨询专家由市政府聘任。
3．资金保障
按照“谁破坏谁恢复，谁保护谁受益，筹资主体多元化”原则进行资金筹措。国家投资部分纳入国家基本建设计划，按项目建设进度分期投入，地方配套资金纳入各级地方财政预算，分年度投入，有条件的地方积极争取国际资金。国家层面需要开展的调查、监测、科研、信息、培训以及工程建设等项目以争取国家支持为主，地方财政配套和业主自筹为主。
2006-2010年，剔除已分别纳入“碧水行动”和“蓝天行动”的面源污染防治（含沼气池建设等）、主城区城市绿化等方面投入后，“绿地行动”实施方案九大工程总投资估算105.78亿元。其中争取国家投入62.53亿元，市政府投入5.65亿元，其他投入37.6亿元（见附件1）。包括：
（1）三峡库区生态功能保护区建设工程35.96亿元。其中：水土保持综合整治23.94亿元；生态林业建设8.32亿元；三峡水库重庆库周绿化带建设3.50亿元；湿地保护0.20亿元。该工程以争取国家资金支持为主，地方财政筹措部分配套资金，其中争取国家投入27.22亿元，主要来源于《三峡水库重庆库区周边绿化带建设工程规划》、“长治”工程、天保林二期工程等中央补助资金。
（2）农村小康环保行动工程4.00亿元。其中：农村环境综合整治1.10亿元；高效生态农业建设2.20亿元；小城镇生态环境保护0.50亿元；土壤生态环境保护0.20亿元。该工程以国家和其他投资为主。
（3）生物多样性保护工程5.66亿元。其中：生物多样性调查和保护规划0.12亿元；自然保护区建设0.60亿元；森林公园和风景名胜区建设4.20亿元；濒危动植物和遗传种质资源保护0.30亿元；迁地保护0.10亿元；都市生物多样性保护0.26亿元；外来物种防治0.08亿元。该工程以地方政府投资为主，国家资金分别从林业、建设、环保等渠道争取投入。
（4）生态示范系列创建工程3.72亿元。其中：生态示范区建设1.50亿元；生态示范村建设1.50亿元；环境优美乡镇0.20亿元；生态示范景区0.06亿元；生态小区和绿色社区0.46亿元。该工程以地方政府和业主投入为主，争取国家支持为辅。
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