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加强生物多样性管理。成立重庆市生物多样性保护管理办公室，建立全市生物物种资源保护与管理联席会议制度，落实联席会议成员单位及其职责分工。
2．野生动植物保护
加强自然保护区、森林公园和风景名胜区建设。在生物多样性重点区域，探索建立自然保护区群。建立健全保护区管理机构，理顺保护区管理体制，提高保护区质量和管护水平，定期开展自然保护区评估，实行自然保护区动态管理。加强风景名胜区的管理，市级以上风景名胜区划定核心保护区，保护景区的自然、生态、文物等。落实都市区用地规划中的生物多样性保护措施。建立都市区生物多样性就地保护基地。
开展生物多样性保护与生态扶贫工程示范，在自然保护区核心区和缓冲区逐步开展生态移民，优先开展国家级自然保护区的生态移民，减少人为活动对保护区及其生物多样性的破坏。
建设金钱豹等猫科动物拯救保护工程、金丝猴保护工程、乌江流域黑叶猴保护工程、白冠长尾雉等雉类栖息地保护工程、林麝拯救保护工程、金佛山兰拯救保护工程、崖柏拯救保护工程、红豆杉保护工程。加强红池坝红三叶种质资源保存基地等遗传种质资源基地的建设；新建黔江金荞麦、开县野大豆种质资源保存基地、雪宝山野生兰花种质资源保存基地等遗传种质资源保存基地。加强对重要鱼类的产卵场、索饵场、越冬场、回游通道和其他重要水生生物及其生境的保护。
3．外来物种防治
加强外来入侵生物管理的部门协调，建立并完善外来入侵生物管理办公室，建立外来入侵物种防范、协调和应急机制，制定外来生物入侵突发事件应急预案。开展外来物种调查，编制全市外来入侵生物防治规划，开展外来物种引进风险评估。加强外来物种防治的执法检查，重点开展外来入侵种的种植和养殖、市场销售检查，提高对外来入侵物种的防范意识。禁止在自然保护区、风景名胜区、森林公园或其他生态敏感区引进外来物种和转基因物种。
（四）生态示范创建工程
对生态良好地区，实施积极性保护。加快生态县、生态示范区、环境优美乡镇、生态村等生态示范创建活动，纳入市政府表彰，并实行动态管理，全面推进生态环境质量的改善。
1．生态示范区
开展大足县生态县创建试点工作，抓好巫山、丰都、北碚等国家级生态示范区建设试点。新培育部分初步具备条件的区县（自治县、市），组织申报国家级生态示范区。制定生态示范创建的鼓励政策，规范示范区创建工作。
2．环境优美乡镇
加强分类指导，开展环境优美乡镇的创建工作，优化城镇产业发展结构与布局。完善重庆市环境优美乡镇考核验收标准。到2010年，建设市级和国家级环境优美乡镇15个。
3．生态示范村
制定和完善重庆市生态村考核验收标准。优先在生态示范区、生态县和环境优美乡镇开展生态示范村建设，完善农村基础设施，改善农村环境质量，发展农村经济。推进国家农村小康环保行动计划的实施，到2010年，争取建成300个生态示范村。
4．生态环境保护示范景区
建立旅游区生态环境质量评价指标体系。开展生态环境保护示范景区创建，加强旅游环境的生态环境保护和污染防治，提高景区环境保护基础设施水平，有效防治烟尘、污水、垃圾、噪声污染。鼓励旅游景区进行IS014001认证，加强景区和旅游企业的环境管理体系建设，加强自然景观、自然环境和生物多样性保护。到2010年，创建10个市级生态环境保护示范景区。
5．生态小区
积极引导建设生态住宅、生态小区和绿色学校的创建工作，完成50个市级绿色社区、100个区县级绿色社区建设。把环境管理纳入社区管理，建立社区层面的公众参与机制；开展社区环保教育，提高社区居民环境权利意识和环境责任意识。制定重庆市生态小区（生态园区）创建标准，启动生态小区建设示范。制定和实施绿色学校和绿色社区建设规划，完善绿色社区评估验收标准，开展“生态家园”-绿色社区创建活动和评比活动。
（五）生态人居优化工程
加强城市生态环境保护，建设以主城区块状绿地为核心，以两江四岸绿化为主线，近郊生态防护绿地和大面积的风景园林林地为基础，生态走廊、道路、水系绿化为纽带的绿色生态系统，防止城市生态环境破碎化，美化城市环境，提升城市形象和地位，打造环境优美、经济发展、社会和谐的大都市。
1．山水园林城市建设
抓好山水园林城市建设、城市生态林建设和城市公园建设与管理，继续推进园林式单位、小区、市街和园林式小城镇创建活动，促进城市生态环境建设、景观建设与城市经济社会协调发展。新建园林式单位30个、小区15个、市街15条，城市建成区绿地率达到31%以上，绿化覆盖率达到36%，人均公共绿地面积7.5平方米（城市中心区人均公共绿地面积达到5平方米），2008年完成重庆市国家园林城市建设。
（1）城市生态林建设
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