2、分支机构在经营过程中购进的水、电等所发生的进项税额，其增值税专用发票由所在地主管税务机关进行认证，分支机构将认证通知单传真至总机构汇总统一进行抵扣，对增值税专用发票上购货单位名称、纳税人识别号(分支机构单位名称)与总机构名称、纳税人识别号不一致的，可视同购货单位一致予以抵扣。
3、主管国家税务局应对分支机构的税款缴纳情况和发票使用情况进行日常管理和稽核检查，并加强与总机构所在地主管国家税务局的联系和协作，确保纳税人总、分支机构应纳增值税及时足额入库。
4、总机构所在地主管国家税务局须按年组织分支机构所在地主管国家税务局参加配合对实行“预征－结算”办法的一般纳税人进行增值税纳税清算评估，重点评估总、分支机构购销货物、纳税申报的真实性。评估过程中分支机构所在地主管国家税务局应将评估情况反馈总机构所在地主管国家税务局，评估结束后总机构所在地主管国家税务局应将评估结果反馈纳税人分支机构所在地主管国家税务局；属省内跨州、市的，总机构所在地主管国家税务局应将评估结果报省国家税务局备案。
5、凡已实行增值税“预征－结算”办法的一般纳税人新增设的分支机构，需要实行增值税“预征－结算”办法的，须将其新增设的跨地区分支机构名单和有关资料分别报总机构及分支机构所在地主管国家税务局备案后，可按原批复执行，不再另行审批(预征率调整、政策变动等特殊情况外)。
第九条 违规处理。
(一)各级国税部门应加强对实行增值税“预征－结算”办法的一般纳税人的管理和评估。凡实行增值税“预征－结算”办法的一般纳税人的分支机构，若因隐瞒销售收入等原因而发生偷、逃税行为的，应按其隐瞒的实际销售额和销售货物的适用税率(17％或13％)计算应补增值税税额，在分支机构所在地主管国税机关补缴，其已补税款不能在总机构的应纳税额中抵减。
(二)对由于总机构管理不严造成国家税款流失或分支机构弄虚作假偷逃国家税款的，一律取消执行“预征－结算”办法，同时视不同情况按有关规定予以处理。
第十条 享受即征即退的民政福利企业和“免、抵、退”税的工业企业以及涉及其他特殊情况的不适用于本办法。
第十一条 本办法由云南省国家税务局负责解释。
第十二条 本办法自2006年1月1日起施行；原《云南省国家税务局关于对增值税一般纳税人跨地区设置非独立核算分支机构征收增值税有关问题的通知》(云国税发[1999]269号)、《云南省国家税务局关于对增值税一般纳税人跨地区设置非独立核算分支机构征收增值税有关问题的补充通知》(云国税函[2000]31号)、《云南省国家税务局关于增值税一般纳税人跨地区设置非独立核算分支机构征收增值税有关问题的补充通知》(云国税函[2004]870号)等文件同时废止。
