(二)分支机构的申报表的填写：
1、《增值税纳税申报表》主表1－3栏“按适用税率征税货物及劳务销售额”或第5栏“按简易办法征税货物销售额”按本分支机构取得的实际应税销售收入填写。
2、《增值税纳税申报表》第11栏“销项税金”＝实际应税销售收入ד预征率”；第21栏“按简易办法征税货物销售额＝实际应税销售收入ד预征率”。
(三)总机构的申报表的填写：
1、汇总结算的总机构纳税申报抵减分支机构预缴增值税时，除《增值税纳税申报表》主表第14栏外，其余栏次按《国家税务总局关于重新修订增值税一般纳税人纳税申报办法的通知》(国税发[2003]53号)文件规定填报。
2、《增值税纳税申报表》主表第14栏“进项税额转出”填列口径为：经总机构所在地主管税务机关审核确认的分支机构按预征率就地预缴的完税凭证上所记载的税额，以负数反映在本栏。
第八条 税收管理。
(一)对总机构的税收征管：
1、总机构必须加强对分支机构的管理和监督，对分支机构销售的应税货物，必须按其实际销售额如实核算和申报纳税。
2、对批准实行增值税“预征－结算”办法的一般纳税人，其分支机构在批准执行之前已缴纳的增值税，不能冲减其总机构的应纳增值税。
3、总机构申报征收税款时应进行“一窗式”比对，比对内容应包括其所有非独立核算分支机构的“四小票”信息和认证报税信息。
(二)对分支机构的税收征管：
1、分支机构须持总机构税务登记证件到其所在地主管国家税务局办理税务登记和一般纳税人资格认定，一般纳税人认定条件不受年应税销售额标准以及辅导期(指商业企业)的规定限制。
2、分支机构可使用与总机构不同的单位名称、税务登记证号码，可按规定领购和使用增值税专用发票和普通发票，并应按规定申报纳税和报送税务机关要求报送的有关税收资料。
3、分支机构必须按财务会计核算的有关规定，准确核算其货物的收、销、存数量和销售额。
4、分支机构所在地主管国税机关事后必须对其申报抵扣增值税业务真实性进行检查核实。
5、分支机构“一窗式”比对时出现的“比对不符”视为正常情况的“比对不符”，不移交稽查。
(三)综合征管：
1、根据一般纳税人实际经营和纳税情况，合理确定、调整预征率，预征率原则上实行一年一定(对实行分支机构按销售收入比例分配应纳税额申报缴纳增值税办法的纳税人除外)。预征率调整按以下审批程序进行调整：属省内跨州、市经营的，须按规定重新报经省国家税务局审批同意后执行，州、市国家税务局在上报省国家税务局的同时应抄送相关的州、市国家税务局；属跨县(市、区)经营的企业须按规定重新报经州、市国家税务局审批同意后执行，县(市、区)国家税务局在上报州、市国家税务局的同时应抄送相关的县(市、区)国家税务局。上述各分支机构所在地主管国家税务局(州、县级)须在收到企业总机构所在地主管国家税务局抄送文件的5个工作日内，将审核意见反馈上级(省、州级)国家税务局。
