（三）完善运行机制。各地要指导和协助农民专业合作组织建立健全组织机构和运行办法，完善民主管理制度，建立内部积累机制，扩大经营规模，增强生存、发展和竞争的能力。具备条件的农民专业合作组织，要积极参与国际贸易合作。
（四）规范登记管理。在国家相关法律、法规出台前，成立农民专业合作组织，须经农民专业合作组织业务主管单位审查确认，营利性专业合作组织及所办经济实体依法到工商行政管理机关办理工商登记，非营利性农民专业协会到民政部门办理“社团法人”登记。对把生产、加工、销售联成一体，实行产业化经营的农民专业合作组织，市州、县市区政府应明确其农业产业化龙头企业的地位。对符合登记条件的，登记机关要降低门槛，简化程序，减免有关费用。经登记的专业合作组织具有独立的法人地位，其资产收益受法律保护，并以其全部资产及章程约定的方式对债务承担有限责任。任何组织和个人不得侵犯农民专业合作组织的财产和经营自主权。
三、加大对农民专业合作组织的扶持力度
经县级以上（含县级）业务主管单位审查确认，属农民专业合作组织的，可享受以下扶持政策：
（一）资金投入。从2006年起，各级财政视当地农民专业合作组织发展情况和财力可能安排专项资金，用于支持农民专业合作组织开展信息、技术、产品认证、市场营销服务和成员培训等工作；增加农民专业合作组织示范项目财政专项资金的规模。有关金融机构要支持农民专业合作组织建设标准化生产基地、兴办仓储设施和加工企业、购买农产品运销设备，财政可适当给予贴息。各级农业部门在标准化生产、无公害基地建设、农产品市场营销、农业产业化及引进新品种、新技术等专项资金中，要重点扶持农民专业合作组织。各级林业、水利、移民、扶贫、农业综合开发等部门在项目安排上，也要向农民专业合作组织倾斜。用于扶持农民专业合作组织的资金要设立专户，加强管理，实行专款专用，任何组织和个人不得截留、挪用。
（二）税收优惠政策。各级税务部门要根据财政部、
国家税务总局《关于企业所得税若干优惠政策的通知》（〔1994〕财税字1号）的规定，对农民专业合作组织在农业生产的产前、产中、产后提供技术服务和劳务所得的收入暂免征收企业所得税；对农民销售自产农产品及其经分级、整理、初级加工、包装、加贴品牌商标等不改变产品形状的自产初级农产品，免征增值税；对从事农机作业、排灌、病虫害防治、农牧保险以及相关技术培训业务和家畜、家禽等动物配种、疫病防治的收入免征营业税；对兴办的农产品加工企业，符合税法规定范围的，按13％的税率计征增值税；农民专业合作组织从农民个人、农业生产单位收购免税农产品，可凭税务机关批准使用的收购费用发票，按实际收购金额的13％计算进项税额。
