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指挥机构由本级人民政府主管领导任总指挥，成员由政府有关部门、军队、武警部队及有关单位负责同志组成。指挥机构办公室设在同级人民政府畜牧兽医行政主管部门，具体负责日常工作。
（二）疫点、疫区和受威胁区范围确定
1．疫点：疫点是指患病动物所在地点。一般是指病畜所在的场（户）或其他有关屠宰、经营单位。
2．疫区：疫区是指以疫点为中心，半径3公里范围内区域。疫区划分注意考虑当地的饲养环境和天然屏障（河流、山脉等）。
3．受威胁区：受威胁区是指疫区外顺延5公里的区域。
（三）扑杀
1．牲畜口蹄疫扑杀疫点内全部发病动物和同群易感动物并做无害化处理，对疫点内易感动物产品及可能污染的物品全部进行无害化和消毒处理。
2．高致病性禽流感疫区内全部发病禽类和所有易感禽类，并对疫区所有扑杀禽类及其产品进行无害化和消毒处理。
3．其它重大动物疫情扑杀按国家有关规定执行。
（四）封锁
1．由所在地畜牧兽医行政管理部门划定疫点、疫区、受威胁区。
2．封锁令的发布：当地区县级以上地方人民政府畜牧兽医行政管理部门报请同级人民政府对疫区实行封锁，同级人民政府在接到报告后，应在24小时内发布封锁令。
3．封锁的实施：对疫点、疫区、受威胁区采取不同的处理措施。
（1）疫点。
a．严禁人、畜（禽）、车辆的进出和畜（禽）产品及可能受污染的物品运出，在特殊情况下必须出入时，须经所在地动物防疫监督机构批准，经严格消毒后方可出入。
b．对所有的病畜（禽）及同群畜（禽）及其产品，在动物防疫监督机构的监督指导下进行扑杀及无害化处理。
c．疫点出入口必须有消毒措施，疫点所有的运载工具、用具、畜（禽）舍、场地等必须进行严格消毒。动物粪便、垫料、饲料等可能受污染的物品必须在动物防疫监督机构的监督指导下进行无害化处理。
（2）疫区。
a．交通要道建立临时性检疫消毒站，设置专人和消毒设备监视动物、动物产品流动，并对进入人员、车辆进行消毒。
b．停止动物及动物产品交易、移动。
c．对牲畜口蹄疫疫区内的易感动物进行监测和紧急免疫接种。
（3）受威胁区。
a．对牲畜口蹄疫疫区内的所有易感动物进行紧急免疫接种。 对禽流感受威胁区的所有易感动物进行抗体监测，依情况进行紧急加强免疫接种。
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