政府举办的社区卫生服务组织（含乡镇卫生院），以定额补助为主，由同级财政予以安排。主要是根据社区卫生服务组织承担的社区人口预防保健和最基本的医疗服务任务核定补助经费。
⑵补助经费核定方法 房屋设施大型修缮和符合区域卫生规划的大型医疗设备添置等发展项目，经专家论证和卫生、财政部门批准后，进入财政专项资金补助滚动项目库，根据轻重缓急、立项顺序和经费补助数额逐年安排。技术含量较高，资金回收能力较强的项目，可试行银行贷款、财政贴息等办法。
对在中型医疗机构临床重点学科研究给予补助，以提高疾病诊疗水平，赶超国际国内先进水平，促进临床医学发展。通过医疗机构申报、公开招标、专家评审后立项，按项目予以资助。
事业单位职工养老保险制度建立以前的离退休人员的费用，根据离退休人数和国家统一规定的离退休金、补贴项目和标准确定。
医疗机构的养老、失业、医疗等社会保障制度改革，根据医疗机构的社会公益性质，按国家有关政策执行。
基本医疗服务原则上通过收费补偿，由于政策原因造成的亏损，扣除用药品收支结合弥补后的差额，由财政予以补助。具体补助数额按照基本医疗服务的数量和单位服务量的社会平均成本或先进成本核定。
执行政府指令性任务，医疗机构抢救各种突发性事件所造成的医药费用的缺口和抢救无主病人的医疗欠费，由同级财政部门在核实后予以补助。
社区卫生服务组织（含乡镇卫生院）的定额补助根据完成的社区人群基本医疗服务和预防保健等任务的数量、质量核定财政补助。具体核定可采用编制人员或单位服务量补助定额，服务人口与服务面积综合补助定额等，由财政、卫生主管部门根据当地经济发展水平、卫生状况、居民收入情况、社区人口、服务面积等因素合理确定。服务量包括：预防接种人次、母婴保健人次、健康教育人次等。
三、基本建设投资
卫生事业预算内基本建设投资项目主要包括：公立非营利性医疗机构、疾病控制及妇幼保健等事业机构、卫生监督执法机构的新建、改扩建工程和限额以上的大中型医疗设备购置。其建设资金由同级计划部门根据项目的功能和规模核定安排。
医疗卫生机构的基本建设必须符合区域卫生规划的统一要求。政府举办医疗卫生机构的基本建设项目，必须按照基本建设程序进行管理，经计划部门审核批准后列入年度基本建设投资计划。 其他公立非营利性医疗机构的基本建设项目，按规定程序审核批准后，建设资金可由国家根据实际情况给予适当补助。
